phylotree.js：一款强大的交互式系统发育树可视化库

phylotree.js：一款强大的交互式系统发育树可视化库

phylotree.js Interactive viewer of phylogenetic trees 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylotree.js

phylotree.js 是一个开源项目，它是一个使用 JavaScript 编写的库，专门用于开发涉及系统发育树的应用程序和交互式可视化。该项目托管在 GitHub 上，源代码可以通过以下链接访问：phylotree.js。

1. 项目基础介绍及主要编程语言

phylotree.js 是基于 D3.js 的层次布局扩展而开发的，它能够生成高质量的 SVG 向量图形，并提供了高度的可定制性（通过 CSS 或 JavaScript 回调）。这个库适用于那些需要在浏览器中处理和展示系统发育树数据的开发者，它支持从 Newick 格式到 HyPhy 扩展格式的数据输入。

主要编程语言：JavaScript

2. 项目核心功能

• 多选择分类支持：phylotree.js 能够处理多种选择分类，便于进行对比分析。
• 多种选择机制：支持通过枝簇、根路径、单个枝条、内部枝条、叶节点以及布局后邻近的枝条进行选择。
• 完全在浏览器中运行：包括 Newick/PhyloXML/NexML 解析，能够处理拥有数千个顶点的树。
• 多种视图模式：支持线性、径向、按比例的枝条、顶点对齐和按比例的顶点大小视图。
• 丰富的交互特性：包括缩放、动画重根、梯状化、枝簇折叠和隐藏等，以便探索大型树结构。
• 节点选择工具：能够基于条件自动选择树枝的子集。
• 基于 CSS 和 JavaScript 的样式自定义：包括颜色渐变、顶点名称显示方式、基于属性变换枝条长度等。

3. 项目最近更新的功能

项目的最近更新可能包括以下内容（以下内容为示例，具体更新需查看项目的最新 Release 或 Commit 记录）：

• 性能优化：提升处理大型系统发育树的速度和效率。
• 新特性添加：如支持更多的数据格式或增加新的交互方式。
• 错误修复：修复在使用过程中发现的任何错误或问题。
• 文档更新：更新用户文档，以反映新功能或改进的使用方式。
• 代码重构：改进代码结构，提高可维护性和扩展性。

phylotree.js 的持续更新保证了其作为一个功能丰富且用户友好的系统发育树可视化工具的地位，对于生物信息学和相关领域的开发者来说是一个宝贵的资源。

phylotree.js Interactive viewer of phylogenetic trees 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ph/phylotree.js