MedBERT 项目使用教程

MedBERT 项目使用教程

medbert 本项目开源硕士毕业论文“BERT模型在中文临床自然语言处理中的 应用探索与研究”相关模型 medbert 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medbert

1. 项目目录结构及介绍

medbert/
├── datasets/
│   ├── CEMRNER/
│   ├── CMTNER/
│   ├── CMedQQ/
│   └── CCTC/
├── model/
│   ├── MedBERT/
│   └── MedAlbert/
├── pretrained_models/
│   ├── MedBERT/
│   └── MedAlbert/
├── utils/
│   ├── data_utils.py
│   ├── model_utils.py
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── cc_tc.py
├── cemr_ner.py
├── cmed_qq.py
└── cmt_ner.py

目录结构介绍

  • datasets/: 包含项目使用的数据集,如中文电子病历命名实体识别数据集(CEMRNER)、中文医学文本命名实体识别数据集(CMTNER)、中文医学问句-问句识别数据集(CMedQQ)和中文临床文本分类数据集(CCTC)。
  • model/: 包含项目中使用的模型,如MedBERT和MedAlbert。
  • pretrained_models/: 包含预训练的模型文件。
  • utils/: 包含项目中使用的工具函数,如数据处理工具(data_utils.py)和模型工具(model_utils.py)。
  • .gitignore: Git忽略文件配置。
  • LICENSE: 项目许可证文件。
  • README.md: 项目说明文档。
  • cc_tc.py: 中文临床文本分类任务的启动文件。
  • cemr_ner.py: 中文电子病历命名实体识别任务的启动文件。
  • cmed_qq.py: 中文医学问句-问句识别任务的启动文件。
  • cmt_ner.py: 中文医学文本命名实体识别任务的启动文件。

2. 项目启动文件介绍

2.1 cc_tc.py

cc_tc.py 是用于中文临床文本分类任务的启动文件。该文件包含了数据加载、模型初始化、训练和评估的代码。

2.2 cemr_ner.py

cemr_ner.py 是用于中文电子病历命名实体识别任务的启动文件。该文件包含了数据加载、模型初始化、训练和评估的代码。

2.3 cmed_qq.py

cmed_qq.py 是用于中文医学问句-问句识别任务的启动文件。该文件包含了数据加载、模型初始化、训练和评估的代码。

2.4 cmt_ner.py

cmt_ner.py 是用于中文医学文本命名实体识别任务的启动文件。该文件包含了数据加载、模型初始化、训练和评估的代码。

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有显式的配置文件,但可以通过修改启动文件中的参数来配置模型训练和评估的行为。例如,可以在启动文件中修改数据集路径、模型路径、训练参数等。

示例:修改训练参数

cc_tc.py 中,可以通过修改以下代码来调整训练参数:

# 设置训练参数
batch_size = 32
learning_rate = 2e-5
num_epochs = 3

通过这种方式,可以灵活地配置项目的运行环境。

medbert 本项目开源硕士毕业论文“BERT模型在中文临床自然语言处理中的 应用探索与研究”相关模型 medbert 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/me/medbert

开源医疗大模型是指那些由社区贡献、共享且不涉及商业机密的大型机器学习模型,专门用于医疗领域的问题解决和数据分析。这些模型通常在自然语言处理、图像识别和预测分析等方面有着广泛的应用,以下是一些比较知名的开源医疗大模型: 1. BioBERT:基于BERT(Bidirectional Encoder Representations from Transformers)的预训练模型,专门针对生物医学文本进行了优化。BioBERT在生物医学文献的理解、命名实体识别等方面表现突出。 2. ClinicalBERT:这是BioBERT的一个变体,专为临床文本而设计,用于提高临床文本的处理能力,比如临床记录中的疾病诊断和治疗建议的提取。 3. BlueBERT:使用了来自PubMed的文献和MIMIC-III临床数据库进行预训练的BERT模型,旨在提高模型在临床文本理解和医学编码任务中的表现。 4. UMLS Metathesaurus:统一医学语言系统(Unified Medical Language System)的元词典,它是一个综合的词汇资源库,涵盖了多种医学词汇表和同义词集,广泛用于医学信息的编码和检索。 5. MedBERT:这是一个专门针对医学文献摘要的BERT模型,用于理解和生成医学相关的文本信息。 6. PubHealthBERT:这是基于BERT的一个变种,旨在提高对公共卫生文本的理解能力,如用于疾病监测、健康政策分析等任务。 这些模型通过使用大量的医学文本数据进行预训练,能够更好地理解医学领域的语言和知识,进而在特定的医疗任务中提供支持。
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