GetBox-PyMOL-Plugin安装与使用指南

GetBox-PyMOL-Plugin安装与使用指南

GetBox-PyMOL-Plugin A PyMOL Plugin for calculating docking box for LeDock, AutoDock and AutoDock Vina. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GetBox-PyMOL-Plugin

项目目录结构及介绍

该GitHub仓库结构清晰，便于开发者快速上手。以下是主要的目录和文件说明：

• GetBox Plugin.py: 核心脚本文件，用于在PyMOL中绘制并获取用于LeDock、AutoDock以及AutoDock Vina的对接盒信息。
• LICENSE: 开源许可证文件，说明了软件的使用和分发条件，遵循GNU General Public License。
• README.md: 项目的主要读我文件，提供了基本的项目概述、安装步骤和使用方法简介。
• online tutorial*: 包含英文和中文在线教程的链接，帮助用户了解如何有效地使用插件。
• usage_basic.mp4: 视频教程，展示基础使用流程。
• 目录中还可能包含了其他辅助文件或示例，但基于提供的引用内容，这些是关键要素。

项目的启动文件介绍

GetBox Plugin.py

此文件是项目的启动和核心工作部分。通过这个Python脚本，用户可以集成到PyMOL中，执行以下功能：

• 绘制围绕选定分子的盒子。
• 获取盒子的坐标信息，这对于设置分子对接中的搜索范围至关重要。
• 支持LeDock、AutoDock Vina等常用的分子对接软件的对接框计算需求。

用户无需直接运行此文件来启动功能；而是通过PyMOL内的插件管理器进行安装和调用。

项目的配置文件介绍

注意: 提供的参考内容并未明确提到一个独立的配置文件。然而，对于此类插件，通常配置不是通过外部配置文件完成，而是依赖于插件内部的参数设定或者PyMOL的运行时环境配置。用户可以通过插件的菜单选项或是命令行输入特定参数来进行个性化配置。

在实际使用中，配置和定制行为可能包括：

• 在PyMOL中通过插件界面设置参数，比如选择不同的计算模式或调整盒子大小。
• 使用PyMOL的命令行，直接调用插件函数，并传入相应的参数进行控制。

为了更深入地配置该插件，用户应参考其README.md文件中的指示，特别是“Advanced Usage”部分，以了解是否有更高级的配置选项可用。

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以上即是对项目的基本框架、启动文件及其配置情况的简要概述。实际操作时，请详细阅读项目的最新README.md文件和相关教程，确保获取最新的指导信息。

GetBox-PyMOL-Plugin A PyMOL Plugin for calculating docking box for LeDock, AutoDock and AutoDock Vina. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ge/GetBox-PyMOL-Plugin