SE3-Transformer-PyTorch 项目教程

SE3-Transformer-PyTorch 项目教程

se3-transformer-pytorchImplementation of SE3-Transformers for Equivariant Self-Attention, in Pytorch. This specific repository is geared towards integration with eventual Alphafold2 replication.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/se3-transformer-pytorch

1. 项目的目录结构及介绍

se3-transformer-pytorch/
├── README.md
├── setup.py
├── se3_transformer_pytorch
│   ├── __init__.py
│   ├── se3_transformer.py
│   ├── utils.py
│   └── ...
└── tests
    ├── __init__.py
    ├── test_se3_transformer.py
    └── ...

• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本介绍、安装方法和使用示例。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于通过 pip 安装项目。
• se3_transformer_pytorch: 项目的主要代码目录，包含核心模块和工具函数。
  • init.py: 初始化文件，使目录成为一个 Python 包。
  • se3_transformer.py: SE3-Transformer 模型的实现文件。
  • utils.py: 包含一些辅助函数和工具。
• tests: 包含项目的测试文件，用于确保代码的正确性。
  • init.py: 初始化文件，使目录成为一个 Python 包。
  • test_se3_transformer.py: 针对 SE3-Transformer 模型的测试文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 se3_transformer.py，其中定义了 SE3-Transformer 模型的核心类和函数。以下是该文件的主要内容：

from torch import nn
import torch

class SE3Transformer(nn.Module):
    def __init__(self, dim, heads, depth, dim_head, num_degrees, valid_radius):
        super().__init__()
        # 初始化模型参数和子模块
        ...

    def forward(self, feats, coors, mask):
        # 前向传播逻辑
        ...
        return output

• SE3Transformer: 定义了 SE3-Transformer 模型的类，包含初始化方法和前向传播方法。

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有显式的配置文件，但可以通过修改 se3_transformer.py 中的参数来配置模型。以下是一些关键参数的介绍：

• dim: 输入特征的维度。
• heads: 多头注意力机制的头数。
• depth: 模型的层数。
• dim_head: 每个注意力头的维度。
• num_degrees: 输入特征的度数。
• valid_radius: 有效半径，用于定义邻域。

通过调整这些参数，可以定制化 SE3-Transformer 模型以适应不同的应用场景。

se3-transformer-pytorchImplementation of SE3-Transformers for Equivariant Self-Attention, in Pytorch. This specific repository is geared towards integration with eventual Alphafold2 replication.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/se/se3-transformer-pytorch