TRUST4 开源项目教程
TRUST4TCR and BCR assembly from RNA-seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TRUST4
1. 项目的目录结构及介绍
TRUST4 项目的目录结构如下:
TRUST4/
├── bin/
│ ├── TRUST4
│ └── ...
├── config/
│ ├── b2v_ref.fa
│ ├── b2v_ref_C.fa
│ ├── b2v_ref_D.fa
│ └── ...
├── example/
│ ├── example_bam
│ ├── example_fastq
│ └── ...
├── scripts/
│ ├── run_analysis.sh
│ └── ...
├── README.md
└── ...
目录介绍
- bin/: 包含可执行文件
TRUST4
和其他相关工具。 - config/: 包含配置文件和参考序列文件。
- example/: 包含示例数据,如 BAM 和 FASTQ 文件。
- scripts/: 包含运行分析的脚本。
- README.md: 项目的主文档,包含项目的基本信息和使用说明。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件是 bin/TRUST4
。这是一个可执行文件,用于运行 TRUST4 分析。
启动文件使用方法
./bin/TRUST4 -f config/b2v_ref.fa -1 example/example_fastq_1.fastq.gz -2 example/example_fastq_2.fastq.gz
参数说明
-f
: 指定参考序列文件。-1
: 指定输入的 FASTQ 文件(第一部分)。-2
: 指定输入的 FASTQ 文件(第二部分)。
3. 项目的配置文件介绍
配置文件位于 config/
目录下,主要包括参考序列文件和其他配置参数。
主要配置文件
- b2v_ref.fa: 主要的参考序列文件。
- b2v_ref_C.fa: C 区域的参考序列文件。
- b2v_ref_D.fa: D 区域的参考序列文件。
配置文件使用方法
在运行 TRUST4
时,通过 -f
参数指定参考序列文件:
./bin/TRUST4 -f config/b2v_ref.fa -1 example/example_fastq_1.fastq.gz -2 example/example_fastq_2.fastq.gz
通过以上步骤,您可以顺利地使用 TRUST4 开源项目进行分析。
TRUST4TCR and BCR assembly from RNA-seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TRUST4