TRUST4 开源项目教程

TRUST4 开源项目教程

TRUST4TCR and BCR assembly from RNA-seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TRUST4

1. 项目的目录结构及介绍

TRUST4 项目的目录结构如下：

TRUST4/
├── bin/
│   ├── TRUST4
│   └── ...
├── config/
│   ├── b2v_ref.fa
│   ├── b2v_ref_C.fa
│   ├── b2v_ref_D.fa
│   └── ...
├── example/
│   ├── example_bam
│   ├── example_fastq
│   └── ...
├── scripts/
│   ├── run_analysis.sh
│   └── ...
├── README.md
└── ...

目录介绍

• bin/: 包含可执行文件 TRUST4 和其他相关工具。
• config/: 包含配置文件和参考序列文件。
• example/: 包含示例数据，如 BAM 和 FASTQ 文件。
• scripts/: 包含运行分析的脚本。
• README.md: 项目的主文档，包含项目的基本信息和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件是 bin/TRUST4。这是一个可执行文件，用于运行 TRUST4 分析。

启动文件使用方法

./bin/TRUST4 -f config/b2v_ref.fa -1 example/example_fastq_1.fastq.gz -2 example/example_fastq_2.fastq.gz

参数说明

• -f: 指定参考序列文件。
• -1: 指定输入的 FASTQ 文件（第一部分）。
• -2: 指定输入的 FASTQ 文件（第二部分）。

3. 项目的配置文件介绍

配置文件位于 config/ 目录下，主要包括参考序列文件和其他配置参数。

主要配置文件

• b2v_ref.fa: 主要的参考序列文件。
• b2v_ref_C.fa: C 区域的参考序列文件。
• b2v_ref_D.fa: D 区域的参考序列文件。

配置文件使用方法

在运行 TRUST4 时，通过 -f 参数指定参考序列文件：

./bin/TRUST4 -f config/b2v_ref.fa -1 example/example_fastq_1.fastq.gz -2 example/example_fastq_2.fastq.gz

通过以上步骤，您可以顺利地使用 TRUST4 开源项目进行分析。

TRUST4TCR and BCR assembly from RNA-seq data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/tr/TRUST4