Tangram 项目教程

Tangram 项目教程

Tangram Spatial alignment of single cell transcriptomic data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tang/Tangram

1. 项目目录结构及介绍

Tangram 项目的目录结构如下：

Tangram/
├── data/
├── docs/
├── figures/
├── tangram/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE.md
├── README.md
├── environment.yml
├── setup.py
├── tutorial_tangram_with_squidpy.ipynb
└── tutorial_tangram_without_squidpy.ipynb

目录介绍

• data/: 存放项目所需的数据文件。
• docs/: 存放项目的文档文件。
• figures/: 存放项目中使用的图表文件。
• tangram/: 存放 Tangram 的核心代码文件。
• tests/: 存放项目的测试代码文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE.md: 项目许可证文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• environment.yml: 项目依赖环境配置文件。
• setup.py: 项目安装脚本。
• tutorial_tangram_with_squidpy.ipynb: 使用 Squidpy 的 Tangram 教程。
• tutorial_tangram_without_squidpy.ipynb: 不使用 Squidpy 的 Tangram 教程。

2. 项目启动文件介绍

Tangram 项目的启动文件主要是 setup.py 和 tutorial_tangram_with_squidpy.ipynb 或 tutorial_tangram_without_squidpy.ipynb。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于安装项目的依赖包和配置项目。通过运行以下命令可以安装 Tangram：

python setup.py install

教程文件

• tutorial_tangram_with_squidpy.ipynb: 这是一个 Jupyter Notebook 文件，提供了使用 Squidpy 库的 Tangram 教程。
• tutorial_tangram_without_squidpy.ipynb: 这也是一个 Jupyter Notebook 文件，提供了不使用 Squidpy 库的 Tangram 教程。

通过打开这些 Notebook 文件，用户可以按照教程逐步学习如何使用 Tangram 进行空间单细胞转录组数据的对齐。

3. 项目的配置文件介绍

Tangram 项目的主要配置文件是 environment.yml。

environment.yml

environment.yml 是 Conda 环境配置文件，用于定义项目所需的依赖包和环境配置。通过运行以下命令可以创建并激活 Tangram 的 Conda 环境：

conda env create -f environment.yml
conda activate tangram-env

该文件定义了 Tangram 项目运行所需的所有依赖包，确保用户在安装和运行项目时能够顺利进行。

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以上是 Tangram 项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。通过这些内容，用户可以更好地理解和使用 Tangram 项目。

Tangram Spatial alignment of single cell transcriptomic data. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/tang/Tangram