开源项目 `spectra` 使用教程

开源项目 spectra 使用教程

spectraSupervised Pathway DEConvolution of InTerpretable Gene ProgRAms项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/spect/spectra

1. 项目目录结构及介绍

spectra/
├── README.md
├── setup.py
├── spectra/
│   ├── __init__.py
│   ├── core.py
│   ├── utils.py
│   └── config.py
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   └── test_core.py
└── docs/
    ├── index.md
    └── installation.md

目录结构说明

• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• setup.py: 项目的安装脚本，用于安装项目所需的依赖。
• spectra/: 项目的主要代码目录。
  • __init__.py: 初始化文件，使得 spectra 成为一个 Python 包。
  • core.py: 核心功能模块，包含项目的主要逻辑。
  • utils.py: 工具函数模块，包含一些辅助函数。
  • config.py: 配置文件模块，包含项目的配置项。
• tests/: 测试代码目录，包含项目的单元测试。
  • __init__.py: 初始化文件，使得 tests 成为一个 Python 包。
  • test_core.py: 核心功能模块的测试文件。
• docs/: 项目文档目录，包含项目的详细文档。
  • index.md: 文档首页。
  • installation.md: 安装指南。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 spectra/core.py。该文件包含了项目的主要逻辑和功能实现。通过导入和调用该文件中的函数，可以启动和运行项目的主要功能。

主要函数

• main(): 项目的入口函数，负责初始化配置、加载数据和执行主要逻辑。

使用示例

from spectra.core import main

if __name__ == "__main__":
    main()

3. 项目配置文件介绍

项目的配置文件是 spectra/config.py。该文件包含了项目的各种配置项，如数据库连接、日志级别、API 密钥等。

主要配置项

• DATABASE_URL: 数据库连接字符串。
• LOG_LEVEL: 日志级别，如 DEBUG、INFO、WARNING 等。
• API_KEY: API 密钥，用于访问外部服务。

配置示例

DATABASE_URL = "sqlite:///spectra.db"
LOG_LEVEL = "DEBUG"
API_KEY = "your_api_key_here"

通过修改 config.py 文件中的配置项，可以自定义项目的运行环境。

spectraSupervised Pathway DEConvolution of InTerpretable Gene ProgRAms项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/spect/spectra