MISO: 开源LIMS系统安装与使用指南

MISO: 开源LIMS系统安装与使用指南

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims

项目介绍

MISO是一款专为NGS（Next Generation Sequencing）测序中心设计的开源实验室信息管理系统(LIMS)，它由多国研究机构合作开发，包括加拿大安大略癌症研究所和英国诺维奇Earlham研究所等。该软件完全免费且开源，遵循GNU General Public License第3版许可证发布。

MISO的目标是提供一个适用于从小型到大型规模测序中心的信息管理解决方案，帮助研究人员跟踪样本、实验流程以及数据处理过程，以提高工作效率并确保数据准确性。

项目快速启动

为了搭建一个基础的MISO环境，您可以按照以下步骤进行操作：

前提条件

确保您的系统上已安装Docker和Docker Compose，因为我们将通过Docker容器来运行MISO。

快速启动示例

下面是一组命令，用于启动带有简化工作流的MISO演示环境：

cd miso-lims-compose
export MISO_DB_USER=tgaclims
export MISO_DB=lims
export MISO_DB_PASSWORD_FILE=/miso_db_password
export MISO_TAG=latest
echo "changeme" > /miso_db_password
docker-compose -f demo/plain.yml up

这里我们首先设置了一些必要的环境变量，然后创建了一个包含数据库密码的文件。最后，我们使用Docker Compose从配置文件demo/plain.yml中启动MISO服务。

注意: 在实际部署前，请务必替换上述命令中的敏感信息，如数据库用户名、密码等，以保证系统的安全性。

应用案例和最佳实践

MISO的应用场景广泛，涵盖了从样本录入到结果分析的所有关键步骤。以下是一些常见的使用场景：

• 样本跟踪: 自动化样本登记、状态更新及库存管理。
• 实验规划与执行: 计划实验流程，记录实验细节并追踪实验进度。
• 数据分析管理: 集成多种数据分析工具，管理和共享分析结果。
• 报告生成: 自动生成标准化报告，加速研究成果分享。

对于新用户来说，最佳实践可能包括定制工作流模板以适应具体实验室需求，定期备份数据，以及利用社区资源解决问题。

典型生态项目

MISO作为NGS领域的核心组成部分，通常会与其他相关技术集成，形成更全面的生态系统。例如：

• 数据存储与管理: 结合Hadoop或Cassandra等大数据平台，实现海量基因数据的高效存储与访问。
• 自动化工具整合: 通过对接如Slurm、SGE等集群调度系统，自动执行计算密集型任务。
• 云服务平台: 将MISO部署在AWS、Azure等云端，享受弹性伸缩资源的同时降低本地硬件成本。

以上就是MISO的基础安装和使用教程概览。更多高级功能和详细配置方法，请参考MISO的官方文档和GitHub页面获取最新信息。如果您在使用过程中遇到任何问题，也欢迎加入MISO社区寻求支持。

miso-lims MISO: An open-source LIMS for NGS sequencing centres 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mi/miso-lims