Fragmenstein 项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
Fragmenstein 项目的目录结构如下:
Fragmenstein/
├── fragmenstein/
│ ├── __init__.py
│ ├── monster/
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── bond_provenance.py
│ │ ├── positional_mapping.py
│ │ ├── unmerge_mapper.py
│ │ └── mcs_mapping.py
│ ├── igor/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── pyrosetta_import.py
│ ├── victor/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── MinimalPDBParser.py
│ ├── walton/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── MultiVictorPlacement.py
│ ├── laboratory/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── mpro/
│ │ ├── __init__.py
│ │ ├── fetch_postera.py
│ │ └── read_postera.py
│ ├── cli/
│ │ ├── __init__.py
│ │ └── main.py
│ ├── branding/
│ │ └── __init__.py
│ ├── m_rmsd/
│ │ └── __init__.py
│ └── __init__.py
├── README.md
├── LICENSE
└── setup.py
目录结构介绍
fragmenstein/
: 项目的主目录,包含所有核心模块和子模块。monster/
: 包含 Monster 模块的实现,负责合并和链接化合物。igor/
: 包含 Igor 模块的实现,主要用于处理 Pyrosetta 的导入。victor/
: 包含 Victor 模块的实现,负责解析 PDB 文件。walton/
: 包含 Walton 模块的实现,主要用于多 Victor 的放置。laboratory/
: 包含 Laboratory 模块的实现,特别是 MProVictor 模块,用于处理 Postera 数据。cli/
: 包含命令行接口的实现。branding/
和m_rmsd/
: 包含一些辅助模块。
README.md
: 项目的介绍文件。LICENSE
: 项目的许可证文件。setup.py
: 项目的安装脚本。
2. 项目的启动文件介绍
Fragmenstein 项目的启动文件是 fragmenstein/cli/main.py
。这个文件实现了命令行接口,允许用户通过命令行执行 Fragmenstein 的功能。
启动文件介绍
main.py
: 这是项目的入口文件,用户可以通过命令行调用不同的功能,如合并、放置化合物等。
3. 项目的配置文件介绍
Fragmenstein 项目没有明确的配置文件,但用户可以通过命令行参数来配置项目的行为。例如,用户可以通过命令行指定输入文件、输出文件路径、合并或放置的化合物等。
配置文件介绍
- 项目没有独立的配置文件,所有配置通过命令行参数进行。
以上是 Fragmenstein 项目的教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 Fragmenstein 项目。