Fragmenstein 项目教程

Fragmenstein 项目教程

Fragmenstein Merging, linking and placing compounds by stitching bound compounds together like a reanimated corpse 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fr/Fragmenstein

1. 项目的目录结构及介绍

Fragmenstein 项目的目录结构如下：

Fragmenstein/
├── fragmenstein/
│   ├── __init__.py
│   ├── monster/
│   │   ├── __init__.py
│   │   ├── bond_provenance.py
│   │   ├── positional_mapping.py
│   │   ├── unmerge_mapper.py
│   │   └── mcs_mapping.py
│   ├── igor/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── pyrosetta_import.py
│   ├── victor/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── MinimalPDBParser.py
│   ├── walton/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── MultiVictorPlacement.py
│   ├── laboratory/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── mpro/
│   │       ├── __init__.py
│   │       ├── fetch_postera.py
│   │       └── read_postera.py
│   ├── cli/
│   │   ├── __init__.py
│   │   └── main.py
│   ├── branding/
│   │   └── __init__.py
│   ├── m_rmsd/
│   │   └── __init__.py
│   └── __init__.py
├── README.md
├── LICENSE
└── setup.py

目录结构介绍

• fragmenstein/: 项目的主目录，包含所有核心模块和子模块。
  • monster/: 包含 Monster 模块的实现，负责合并和链接化合物。
  • igor/: 包含 Igor 模块的实现，主要用于处理 Pyrosetta 的导入。
  • victor/: 包含 Victor 模块的实现，负责解析 PDB 文件。
  • walton/: 包含 Walton 模块的实现，主要用于多 Victor 的放置。
  • laboratory/: 包含 Laboratory 模块的实现，特别是 MProVictor 模块，用于处理 Postera 数据。
  • cli/: 包含命令行接口的实现。
  • branding/ 和 m_rmsd/: 包含一些辅助模块。
• README.md: 项目的介绍文件。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Fragmenstein 项目的启动文件是 fragmenstein/cli/main.py。这个文件实现了命令行接口，允许用户通过命令行执行 Fragmenstein 的功能。

启动文件介绍

• main.py: 这是项目的入口文件，用户可以通过命令行调用不同的功能，如合并、放置化合物等。

3. 项目的配置文件介绍

Fragmenstein 项目没有明确的配置文件，但用户可以通过命令行参数来配置项目的行为。例如，用户可以通过命令行指定输入文件、输出文件路径、合并或放置的化合物等。

配置文件介绍

• 项目没有独立的配置文件，所有配置通过命令行参数进行。

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以上是 Fragmenstein 项目的教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 Fragmenstein 项目。

Fragmenstein Merging, linking and placing compounds by stitching bound compounds together like a reanimated corpse 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/fr/Fragmenstein