GLIMPSE 开源项目教程
GLIMPSELow Coverage Calling of Genotypes项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/glim/GLIMPSE
1. 项目的目录结构及介绍
GLIMPSE 项目的目录结构如下:
GLIMPSE/
├── bin/
│ ├── GLIMPSE_chunk
│ ├── GLIMPSE_concordance
│ ├── GLIMPSE_phase
│ ├── GLIMPSE_ligate
│ └── GLIMPSE_sample
├── docs/
│ ├── README.md
│ └── ...
├── examples/
│ ├── example1/
│ ├── example2/
│ └── ...
├── src/
│ ├── chunk.cpp
│ ├── concordance.cpp
│ ├── phase.cpp
│ ├── ligate.cpp
│ └── sample.cpp
├── Makefile
├── LICENSE
└── README.md
目录介绍:
- bin/: 包含项目的可执行文件,如
GLIMPSE_chunk
,GLIMPSE_concordance
,GLIMPSE_phase
,GLIMPSE_ligate
,GLIMPSE_sample
。 - docs/: 包含项目的文档文件,如
README.md
和其他相关文档。 - examples/: 包含项目的示例文件,如
example1
,example2
等。 - src/: 包含项目的源代码文件,如
chunk.cpp
,concordance.cpp
,phase.cpp
,ligate.cpp
,sample.cpp
。 - Makefile: 项目的构建文件。
- LICENSE: 项目的许可证文件。
- README.md: 项目的介绍文件。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件主要位于 bin/
目录下,包括以下几个可执行文件:
- GLIMPSE_chunk: 用于将基因组数据分割成块。
- GLIMPSE_concordance: 用于检查基因组数据的一致性。
- GLIMPSE_phase: 用于基因组数据的相位分析。
- GLIMPSE_ligate: 用于将基因组数据片段连接起来。
- GLIMPSE_sample: 用于从基因组数据中采样。
这些文件是项目的核心功能模块,通过命令行调用这些可执行文件可以实现不同的基因组分析任务。
3. 项目的配置文件介绍
GLIMPSE 项目没有明确的配置文件,但可以通过命令行参数来配置和调整项目的运行行为。每个可执行文件都有相应的命令行参数,用户可以根据需要进行设置。
例如,使用 GLIMPSE_chunk
时,可以通过以下命令行参数进行配置:
./GLIMPSE_chunk --input input.vcf.gz --region chr1 --output output.chunk.vcf.gz
其他可执行文件也有类似的命令行参数,具体使用方法可以参考项目的 README.md
文件或相关文档。
以上是 GLIMPSE 开源项目的教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用该项目。
GLIMPSELow Coverage Calling of Genotypes项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/glim/GLIMPSE