PyRadiomics 安装与使用教程

PyRadiomics 安装与使用教程

项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyradiomics

1. 项目目录结构及介绍

PyRadiomics 是一个用于从医学图像中提取放射组学特征的开源 Python 库。其基本的目录结构如下：

pyradiomics/
├── docs/          # 文档相关材料
│   ├── _build/     # 构建后的文档
│   └── source/     # 源代码文档
├── examples/      # 示例数据和脚本
│   ├── images/     # 医学图像文件
│   └── scripts/    # 脚本示例
├── pyradiomics/    # 主要库代码
│   ├── __init__.py
│   ├── imageoperations.py
│   ├── featureclasses/  # 特征计算类
│   └── filters/         # 内置滤波器
└── tests/         # 测试用例

• docs: 存放项目文档的源码和构建结果。
• examples: 提供实例数据和运行脚本来展示如何使用 PyRadiomics。
• pyradiomics: 包含核心库代码，如图像操作模块 (imageoperations.py) 和特征提取类 (featureclasses/)。
• tests: 单元测试文件，用于验证库的正确性。

2. 项目启动文件介绍

在 PyRadiomics 中没有特定的启动文件，因为它作为一个库被导入到其他 Python 程序中使用。通常，你可以通过创建一个新的 Python 脚本并导入库来开始使用它，例如：

import pyradiomics

# 初始化设置
settings = {
    ' EnableFirstOrder': True,
    ' EnableShape': True,
    ' imageType': ['Original'],
    # ... 更多配置
}

# 加载图像和标签
inputImage, inputLabel = load_images('path/to/image', 'path/to/label')

# 创建特征提取对象
extractor = pyradiomics.featureextractor.RadiomicsFeatureExtractor(settings)

# 提取特征
features = extractor.execute(inputImage, inputLabel)

# 处理并分析提取的特征
# ...

请注意，实际代码可能需要根据你的具体需求进行调整，例如加载图像的方式和路径，以及设置的详细配置。

3. 项目的配置文件介绍

PyRadiomics 允许使用 YAML 格式的配置文件来定义特征提取过程中的参数。配置文件可以控制哪些特征被计算、滤波器设置等。一个简单的配置文件示例如下：

General:
  verbose: True
  debug: False

Image:
  resampleImage: True
  resampledPixelSpacing: [1, 1, 1]
  resampleInterpolation: "NearestNeighbor"

FilterSettings:
  WaveletFilters: ["db1", "db2"]
  
FirstOrder:
  histogramBins: 30

Shape:
  enabled: True

• General 部分包含了通用设置，如日志输出和调试模式。
• Image 部分定义了图像处理选项，包括重采样像素间距和插值方法。
• FilterSettings 设置滤波器，此处启用了小波滤波器，并指定了滤波器类型。
• FirstOrder 和 Shape 分别设置了第一阶统计特性和形状特性计算的相关参数。

将这个配置文件传递给 RadiomicsFeatureExtractor 的构造函数时，可以使用 load_settings_file 方法或者直接在字典中指定：

from pyradiomics import getExampleSettings

settings = getExampleSettings()
# 或者
with open('path/to/config.yaml', 'r') as f:
    settings = yaml.safe_load(f)

然后，这些设置将应用于特征提取过程。

通过遵循上述步骤，你应该能够成功安装并开始使用 PyRadiomics 进行放射组学特征提取。更多详细的教程和文档可参考项目官方资源。

pyradiomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyradiomics