BioSyn 开源项目教程

BioSyn 开源项目教程

BioSynACL'2020: Biomedical Entity Representations with Synonym Marginalization项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BioSyn

1. 项目的目录结构及介绍

BioSyn 项目的目录结构如下：

BioSyn/
├── data/
│   ├── dataset/
│   ├── processed/
│   └── raw/
├── models/
│   ├── __init__.py
│   ├── biobert.py
│   └── word2vec.py
├── notebooks/
│   ├── analysis.ipynb
│   └── visualization.ipynb
├── scripts/
│   ├── preprocess.py
│   ├── train.py
│   └── evaluate.py
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_biobert.py
│   └── test_word2vec.py
├── .gitignore
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录介绍

• data/: 存储数据集的目录，包括原始数据 (raw/)、处理后的数据 (processed/) 和数据集 (dataset/)。
• models/: 包含模型定义的 Python 文件，如 biobert.py 和 word2vec.py。
• notebooks/: Jupyter 笔记本文件，用于数据分析和可视化。
• scripts/: 包含预处理 (preprocess.py)、训练 (train.py) 和评估 (evaluate.py) 脚本。
• tests/: 单元测试文件，如 test_biobert.py 和 test_word2vec.py。
• .gitignore: Git 忽略文件。
• README.md: 项目说明文档。
• requirements.txt: 项目依赖文件。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件主要是 scripts/ 目录下的脚本文件：

• preprocess.py: 用于数据预处理的脚本。
• train.py: 用于模型训练的脚本。
• evaluate.py: 用于模型评估的脚本。

启动文件介绍

• preprocess.py: 该脚本负责加载原始数据，进行数据清洗、转换和保存处理后的数据。
• train.py: 该脚本负责加载处理后的数据，初始化模型，进行模型训练并保存训练好的模型。
• evaluate.py: 该脚本负责加载训练好的模型，对测试数据进行评估，输出评估结果。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件主要是 requirements.txt 和 setup.py：

• requirements.txt: 列出了项目运行所需的 Python 包及其版本。
• setup.py: 用于安装项目的脚本，定义了项目的元数据和依赖关系。

配置文件介绍

• requirements.txt: 该文件列出了项目运行所需的 Python 包及其版本，例如：

  numpy==1.19.5
  pandas==1.1.5
  scikit-learn==0.24.2
  

• setup.py: 该脚本用于安装项目，定义了项目的名称、版本、作者等信息，并指定了项目的依赖关系。

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='BioSyn',
    version='0.1.0',
    author='Your Name',
    author_email='your.email@example.com',
    description='A biomedical entity linking project',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'numpy==1.19.5',
        'pandas==1.1.5',
        'scikit-learn==0.24.2',
    ],
)

以上是 BioSyn 开源项目的教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助！

BioSynACL'2020: Biomedical Entity Representations with Synonym Marginalization项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/bi/BioSyn