Python for Microscopists 项目教程

Python for Microscopists 项目教程

python_for_microscopists项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/python_for_microscopists

项目介绍

Python for Microscopists 是一个专注于使用Python进行显微镜图像分析的开源项目。该项目由Bhattiprolu S创建，旨在为显微镜学家提供一系列的Python教程和代码示例，帮助他们更好地处理和分析显微镜图像。

项目快速启动

环境准备

首先，确保你已经安装了Python和必要的库。你可以使用以下命令安装所需的库：

pip install numpy matplotlib scikit-image tensorflow

克隆项目

使用以下命令克隆项目到本地：

git clone https://github.com/bnsreenu/python_for_microscopists.git

运行示例代码

进入项目目录并运行一个示例代码：

cd python_for_microscopists
python 017-Reading_Images_in_Python.py

应用案例和最佳实践

图像处理

项目中包含多个图像处理的示例，如使用Pillow库进行图像处理：

from PIL import Image

# 打开图像文件
img = Image.open('example.jpg')

# 显示图像
img.show()

深度学习

项目还提供了使用深度学习模型进行图像分类的示例，如使用VGG16进行迁移学习：

from tensorflow.keras.applications.vgg16 import VGG16
from tensorflow.keras.preprocessing import image
from tensorflow.keras.applications.vgg16 import preprocess_input
import numpy as np

model = VGG16(weights='imagenet')

img_path = 'example.jpg'
img = image.load_img(img_path, target_size=(224, 224))
x = image.img_to_array(img)
x = np.expand_dims(x, axis=0)
x = preprocess_input(x)

preds = model.predict(x)
print('Predicted:', decode_predictions(preds, top=3)[0])

典型生态项目

Detectron2

Detectron2 是Facebook AI Research的一个项目，用于实例分割和目标检测。项目中包含使用Detectron2进行3D EM Platelet分析的示例：

import detectron2
from detectron2.config import get_cfg
from detectron2 import model_zoo

cfg = get_cfg()
cfg.merge_from_file(model_zoo.get_config_file("COCO-InstanceSegmentation/mask_rcnn_R_50_FPN_3x.yaml"))
cfg.MODEL.ROI_HEADS.SCORE_THRESH_TEST = 0.5
cfg.MODEL.WEIGHTS = model_zoo.get_checkpoint_url("COCO-InstanceSegmentation/mask_rcnn_R_50_FPN_3x.yaml")
predictor = DefaultPredictor(cfg)

im = cv2.imread("input.jpg")
outputs = predictor(im)

通过这些示例，你可以快速上手并应用这些技术到你的显微镜图像分析中。

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