临床知识图谱（CKG）安装与配置指南-CSDN博客

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临床知识图谱（CKG）安装与配置指南

CKG Clinical Knowledge Graph (CKG) is a platform with twofold objective: 1) build a graph database with experimental data and data imported from diverse biomedical databases 2) automate knowledge discovery making use of all the information contained in the graph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ck/CKG

1. 项目基础介绍

临床知识图谱（Clinical Knowledge Graph，CKG）是一个开源平台，旨在分析蛋白质组学和临床数据，并从多个广泛使用的生物医学数据库中整合和挖掘知识。CKG 包含超过1600万个节点和2.2亿个关系，涵盖了实验数据、公共数据库和文献信息。该平台采用了最新的统计和机器学习算法，大幅提升了典型蛋白质组学工作流的分析和解释效率。

CKG 使用的主要编程语言是 Python。

2. 项目使用的关键技术和框架

图数据库：CKG 使用图数据库来存储和查询复杂的数据关系。
机器学习算法：用于数据分析，提供数据挖掘和预测功能。
Docker：提供容器化部署，简化了安装和配置过程。
前端框架：例如 React 或 Vue.js（具体框架未在文档中明确提及，但常见于此类项目）。

3. 项目安装和配置的准备工作与详细步骤

准备工作

确保你的系统满足以下要求：
- 操作系统：支持 macOS、Linux。Windows 用户可以参考相关指南。
- 硬盘空间：至少80GB空闲空间。
- 安装 Git：如果尚未安装，请访问 Git 官方网站下载并安装。
- 安装 Docker：如果尚未安装，请访问 Docker 官方网站下载并安装。

安装步骤

克隆项目仓库

打开终端（或命令提示符），运行以下命令克隆 CKG 项目：
```
git clone https://github.com/MannLabs/CKG.git
```
这将在当前目录下创建一个名为 "CKG" 的新文件夹。
查看项目文档

在项目文件夹中，有一个名为 README.md 的文件，其中包含了项目的详细信息和安装指南。请仔细阅读。
安装依赖

在项目根目录下，使用以下命令安装项目依赖：
```
pip install -r requirements.txt
```
请确保已经安装了 Python 和 pip。
设置 Docker 容器

CKG 提供了 Docker 容器来简化安装过程。运行以下命令来构建 Docker 容器：
```
docker build -t ckg .
```
完成后，可以运行容器：
```
docker run -it ckg
```
启动 CKG 服务

在 Docker 容器内部，运行以下命令来启动 CKG 服务：
```
ckg-start
```
如果一切正常，CKG 服务将开始运行。
访问 CKG

通过浏览器访问 http://localhost:5000（或者容器分配的端口），你应该能够看到 CKG 的界面。