QVina 开源项目安装与使用指南
qvinaAccurately speed up AutoDock Vina项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina
目录结构及介绍
在克隆或下载了 QVina
的源代码之后,你会看到以下主要目录结构:
根目录
- Makefile: 编译项目的脚本。
- Kernel2_Opt.bin: GPU版本中用于加速计算的内核二进制文件。
src/
- 包含所有源代码文件,如
qvina-w.cpp
和其他相关头文件等。
doc/
- Readme.md: 提供项目概述、编译说明和其他重要信息。
- CITATION.md: 提供如何引用项目的指导。
examples/
- 包含示例输入文件以及预定义配置来演示工具功能。
tests/
- 包含测试数据集和脚本来验证软件的功能性。
kernels/
- 包括GPU版本所需的各种OpenCL内核源码文件。
utils/
- 额外的实用程序和脚本,例如用于处理输入/输出数据的辅助函数。
启动文件介绍
Makefile
这是主构建文件,用于编译和创建可执行文件。编辑此文件可以调整编译选项,例如启用或禁用GPU支持(通过指定 -DHAVE_OPENCL
)。
qvina-w.cpp
这是QVina的主要源代码文件,其中包含了工具的核心逻辑和算法实现。运行 make
命令后将从这个文件构建出名为 qvina-w
的可执行文件,该命令是在根目录下的 Makefile
中设置的。
配置文件介绍
虽然 QVina
没有专门的配置文件,但它依赖于一系列参数,这些参数通常作为命令行参数传递给 qvina-w
可执行文件。以下是关键参数:
- --config <config_file>: 定义蛋白质和配体文件位置,搜索空间大小以及其他选项的配置文件路径。
- --receptor <pdbqt_file>: 蛋白质受体的PDBQT格式文件路径。
- --ligand <pdbqt_file>: 待对接的小分子配体的PDBQT格式文件路径。
- --center_x, --center_y, --center_z: 对接盒子中心点的坐标。
- --size_x, --size_y, --size_z: 对接盒子的尺寸。
- --out <output_pdbqt_file>: 输出结果的文件名。
此外,QVina
允许更改默认参数以优化搜索过程,如:
- --exhaustiveness: 控制搜索精度;值越大,搜索越彻底但速度越慢,默认是8。
- --num_modes: 设置输出解决方案的数量,默认是1。
以上介绍了 QVina
的基本目录结构,启动流程以及如何提供必要的参数以进行有效使用。确保你的系统上已正确安装所有必需的库和工具,以便成功编译并运行该项目。对于更详细的使用说明,参考 doc/Readme.md
文件中的指引。
请注意,在实际使用时,务必遵守项目许可协议和任何附加的使用条件。
qvinaAccurately speed up AutoDock Vina项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina