QVina 开源项目安装与使用指南

QVina 开源项目安装与使用指南

qvinaAccurately speed up AutoDock Vina项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina

目录结构及介绍

在克隆或下载了 QVina 的源代码之后，你会看到以下主要目录结构:

根目录

• Makefile: 编译项目的脚本。
• Kernel2_Opt.bin: GPU版本中用于加速计算的内核二进制文件。

src/

• 包含所有源代码文件，如 qvina-w.cpp 和其他相关头文件等。

doc/

• Readme.md: 提供项目概述、编译说明和其他重要信息。
• CITATION.md: 提供如何引用项目的指导。

examples/

• 包含示例输入文件以及预定义配置来演示工具功能。

tests/

• 包含测试数据集和脚本来验证软件的功能性。

kernels/

• 包括GPU版本所需的各种OpenCL内核源码文件。

utils/

• 额外的实用程序和脚本，例如用于处理输入/输出数据的辅助函数。

启动文件介绍

Makefile

这是主构建文件，用于编译和创建可执行文件。编辑此文件可以调整编译选项，例如启用或禁用GPU支持（通过指定 -DHAVE_OPENCL）。

qvina-w.cpp

这是QVina的主要源代码文件，其中包含了工具的核心逻辑和算法实现。运行 make 命令后将从这个文件构建出名为 qvina-w 的可执行文件，该命令是在根目录下的 Makefile 中设置的。

配置文件介绍

虽然 QVina 没有专门的配置文件，但它依赖于一系列参数，这些参数通常作为命令行参数传递给 qvina-w 可执行文件。以下是关键参数：

• --config <config_file>: 定义蛋白质和配体文件位置，搜索空间大小以及其他选项的配置文件路径。
• --receptor <pdbqt_file>: 蛋白质受体的PDBQT格式文件路径。
• --ligand <pdbqt_file>: 待对接的小分子配体的PDBQT格式文件路径。
• --center_x, --center_y, --center_z: 对接盒子中心点的坐标。
• --size_x, --size_y, --size_z: 对接盒子的尺寸。
• --out <output_pdbqt_file>: 输出结果的文件名。

此外，QVina 允许更改默认参数以优化搜索过程，如：

• --exhaustiveness: 控制搜索精度；值越大，搜索越彻底但速度越慢，默认是8。
• --num_modes: 设置输出解决方案的数量，默认是1。

以上介绍了 QVina 的基本目录结构，启动流程以及如何提供必要的参数以进行有效使用。确保你的系统上已正确安装所有必需的库和工具，以便成功编译并运行该项目。对于更详细的使用说明，参考 doc/Readme.md 文件中的指引。

请注意，在实际使用时，务必遵守项目许可协议和任何附加的使用条件。

qvinaAccurately speed up AutoDock Vina项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/qv/qvina