Cromwell 开源项目使用教程

Cromwell 开源项目使用教程

cromwellScientific workflow engine designed for simplicity & scalability. Trivially transition between one off use cases to massive scale production environments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cr/cromwell

1. 项目的目录结构及介绍

Cromwell 项目的目录结构如下：

cromwell/
├── CHANGELOG.md
├── CONTRIBUTING.md
├── Dockerfile
├── LICENSE
├── README.md
├── RELEASE_PROCESS.md
├── RELEASE_NOTES.md
├── build.sbt
├── core
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── database
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── docker-compose.yml
├── docs
│   ├── img
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── engine
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── project
│   ├── build.properties
│   ├── plugins.sbt
├── scripts
│   ├── docker-compose
│   ├── jenkins
│   ├── release
│   ├── test
├── server
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── services
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test
├── womtool
│   ├── src
│   │   ├── main
│   │   └── test

主要目录介绍

• core/: 核心模块，包含 Cromwell 的核心功能代码。
• database/: 数据库模块，包含与数据库交互的代码。
• docs/: 文档模块，包含项目的文档和图片。
• engine/: 引擎模块，包含工作流引擎的代码。
• project/: 项目配置模块，包含 SBT 构建工具的配置文件。
• scripts/: 脚本模块，包含各种自动化脚本。
• server/: 服务器模块，包含 HTTP 服务器的代码。
• services/: 服务模块，包含各种服务的代码。
• womtool/: WOM 工具模块，包含 WOM 文件的解析工具。

2. 项目的启动文件介绍

Cromwell 项目的启动文件主要位于 server/src/main/scala/cromwell/CromwellEntryPoint.scala。这个文件包含了启动 Cromwell 服务器的入口点。

package cromwell

import akka.actor.ActorSystem
import cromwell.core.actor.BootActorSystem
import cromwell.server.CromwellServer

object CromwellEntryPoint {
  def main(args: Array[String]): Unit = {
    val system = ActorSystem("CromwellServer")
    val server = new CromwellServer(system)
    server.run()
  }
}

启动流程

1. 创建 Akka ActorSystem。
2. 初始化 CromwellServer 实例。
3. 调用 server.run() 方法启动服务器。

3. 项目的配置文件介绍

Cromwell 项目的配置文件主要位于 server/src/main/resources/application.conf。这个文件包含了 Cromwell 服务器的各种配置选项。

cromwell {
  services {
    MetadataService {
      config {
        metadata-output = "metadata.json"
      }
    }
    EngineService {
      config {
        workflow-options = "workflow_options.json"
      }
    }
  }
  database {
    profile = "slick.jdbc.HsqldbProfile$"
    db {
      url = "jdbc:hsqldb:mem:cromwell"
      user = "SA"
      password = ""
      driver = "org.hsqldb.jdbcDriver"
    }
  }
}

主要配置项

• services: 服务配置，包含 MetadataService 和 EngineService 的配置。
• database: 数据库配置，包含数据库连接的 URL、用户名、密码和驱动类。

通过这些配置项，可以定制 Cromwell 服务器的行为和数据库连接。

cromwellScientific workflow engine designed for simplicity & scalability. Trivially transition between one off use cases to massive scale production environments项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/cr/cromwell