ChAMP R包使用教程
champ-r🐶 Yet another League of Legends helper项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ch/champ-r
1. 项目介绍
ChAMP(Chip Analysis Methylation Pipeline)是用于分析Illumina的人类甲基化450k和EPIC芯片数据的R包。它提供了从质量控制到差异甲基化位点(DMPs)和区域(DMRs)识别的一系列功能,同时也涵盖了拷贝数变异(CNAs)分析。ChAMP旨在简化高通量DNA甲基化数据分析流程,并且支持用户调整参数以适应特定分析需求。
2. 项目快速启动
安装ChAMP
在R环境中安装ChAMP前,你需要先安装BiocManager
。执行以下命令:
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
install.packages("BiocManager")
}
BiocManager::install("ChAMP")
加载数据并进行初步分析
如果你有一个位于testDir
目录下的Illumina数据集,可以使用以下代码开始分析流程(假设是450k芯片数据):
library(ChAMP)
myLoad <- champ.load(directory = "testDir")
CpG_GUI()
champ.QC()
myNorm <- champ.norm()
对于EPIC芯片数据,需要设置arraytype
参数:
myLoad <- champ.load(directory = "testDir", arraytype = "EPIC")
CpG_GUI(arraytype = "EPIC")
champ.QC(arraytype = "EPIC")
myNorm <- champ.norm(arraytype = "EPIC")
请注意替换"testDir"
为实际数据所在的目录。
3. 应用案例和最佳实践
一个典型的ChAMP分析流程包括以下步骤:
- 加载数据:通过
champ.load()
读取IDAT文件或模拟数据。 - 质量控制:使用
champ.QC()
检查样品质量。 - 归一化:
champ.norm()
对数据进行处理。 - 批效应校正(如有必要):使用
champ.runCombat()
处理批次效应。 - 寻找差异甲基化位点(DMPs):
champ.DMP()
计算DMPs。 - 可视化DMPs:
DMP.GUI()
显示结果。 - 寻找差异甲基化区域(DMRs):
champ.DMR()
找到DMRs。 - 可视化DMRs:
DMR.GUI()
展示DMR分析结果。 - 拷贝数变异分析:如样本属于血液样品,运行
champ.CNA()
分析CNAs。 - 参考基因组比对(仅限血液样本):使用
champ.refbase()
进行比对。
每个步骤都可以根据实际情况调整参数,以满足特定研究需求。
4. 典型生态项目
ChAMP通常与其他Bioconductor包结合使用,例如minfi
用于处理基础芯片数据,globaltest
和sva
用于统计分析,以及illuminaio
用于读取 Illumina 格式的数据。这些包共同构成了DNA甲基化分析的生态系统。
除此之外,ChAMP的结果还可以与其他工具进一步整合,例如使用GSEA
或Enrichr
进行富集分析,或用CNAnorm
等专门的CNV分析工具进行拷贝数变异的深入探究。
以上就是ChAMP的基本介绍和使用流程。要获取更详细的信息,请查看ChAMP的官方文档和Bioconductor上的相关资源。祝你的数据分析顺利!
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