nf-core/eager：一款先进的古DNA分析管道

nf-core/eager：一款先进的古DNA分析管道

eager A fully reproducible and state-of-the-art ancient DNA analysis pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/eager

1. 项目基础介绍

nf-core/eager 是一个可扩展且具有重现性的生物信息学最佳实践处理管道，专为基因组NGS测序数据设计，尤其关注古DNA（aDNA）数据。该项目适用于（古）基因组分析，包括人类、动物、植物、微生物甚至微生物群落。该管道使用Nextflow构建，Nextflow是一个工作流工具，能够在多个计算基础设施中以高度便携的方式运行任务。它包含Docker容器，使得安装过程变得简单，结果高度可重现。

主要编程语言：Nextflow（以Java为基础），以及使用的各种生物信息学工具的编程语言，如Python、R等。

2. 项目的核心功能

• 数据预处理：包括质量控制、测序适配器去除、paired-end数据合并等。
• 读段映射：使用bwa、CircularMapper或bowtie2等工具将读段映射到参考基因组。
• 映射后处理：包括统计信息生成、转换到BAM格式、古DNA损伤模式可视化、PCR重复去除、映射后质量控制和库复杂性估计等。
• 附加功能：自动处理复杂的测序设置、去除未映射读段的转换、主DNA（映射读段）从输入FASTQ文件中去除等。

3. 项目最近更新的功能

• 新增工具和功能：包括用于UDG+/UDG-half处理协议的损伤去除/剪辑、受损读段的提取和评估、人类样本核DNA污染的估计、VCF和EIGENSTRAT基因分型文件创建、基因组的共识序列FASTA文件创建、SNP表生成等。
• 改进和优化：对现有步骤进行了优化，提高了管道的效率和稳健性。
• 新增文档和教程：为了帮助用户更好地理解和运行管道，增加了更多的文档和教程内容。

nf-core/eager 项目的持续更新确保了其在古DNA分析领域的前沿地位，为科研人员提供了一个高效、可重复且用户友好的分析工具。

eager A fully reproducible and state-of-the-art ancient DNA analysis pipeline 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ea/eager