Nextflow Tower系统安装与使用指南

Nextflow Tower系统安装与使用指南

nf-tower Nextflow Tower system 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nf/nf-tower

Nextflow Tower是由Seqera Labs开发的开源监控和管理平台，专为Nextflow工作流设计。本指南将引导您了解其目录结构、启动文件和配置文件的相关知识，帮助您顺利部署并使用此工具。

1. 项目目录结构及介绍

Nextflow Tower的项目结构遵循一定的组织原则，使得维护和理解更加便捷。以下是一些关键组件的概览：

• master (已知此仓库被归档，特定分支信息可能不再适用)：代表了主要的代码分支。
• src: 源代码目录，分为main和test部分，其中：
  • main下包含groovy, java, resources等子目录，是应用程序的核心逻辑和资源配置所在。
  • tower-backend: 后端服务的源代码。
  • tower-web: 前端Web界面的源码。
• docker-compose.yml: 提供了一种快速部署Tower环境的方式，使用Docker容器化技术。
• gradle: 构建工具相关文件，包括wrapper用于确保一致的构建环境。
• build.gradle: Gradle构建脚本，定义了项目构建规则。
• settings.gradle: Gradle设置文件，指定了项目包含的子项目。
• LICENSE: 许可证文件，指出项目遵循Mozilla Public License v2.0。
• README.md: 此文件提供了快速入门和基本项目信息。

2. 项目的启动文件介绍

Nextflow Tower的启动涉及前后端的独立运行。主要通过Gradle命令来执行后端服务的启动，并且前端依赖Node.js进行开发或运行。

启动后端服务

使用Gradle任务启动后端，终端中输入以下命令：

./gradlew tower-backend:run --continuous

启动前端服务

前端基于Web技术，首先需在tower-web目录下进行以下操作：

cd tower-web
npm install
npm run livedev

这将会启动一个开发服务器，允许您查看和交互前端应用。

3. 项目的配置文件介绍

Nextflow Tower的配置通过以下几个关键文件管理：

application.yml 和 tower.yml

• 这些YAML格式的配置文件分别位于后端的类路径和启动目录中。它们提供了对SMTP服务器、数据库连接、应用行为等多个方面的配置。
• 重要变量包括TOWER_SMTP_HOST、TOWER_SMPT_PORT以及数据库连接参数如TOWER_DB_URL、TOWER_DB_USER、TOWER_DB_PASSWORD等，以保证应用能够正确发送邮件通知和存储数据。

环境变量配置

• 在开发环境中，可以直接通过环境变量来设置配置项，例如TOWER_SMTP_USER和TOWER_SMTP_PASSWORD。
• 高级配置可在application.yml中进行细化，覆盖默认值。

数据库配置灵活性

• Tower支持多种SQL数据库，如MySQL、PostgreSQL等，通过调整环境变量TOWER_DB_DIALECT、TOWER_DB_URL等来指定数据库类型和连接细节。

综上所述，Nextflow Tower提供了一个详细的配置体系，以适应不同场景下的部署需求，同时通过Gradle和Node.js提供了一条清晰的启动流程。请确保仔细阅读每个配置项，以便根据您的具体需求定制部署。

nf-tower Nextflow Tower system 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nf/nf-tower