DoRothEA：基于R语言的人类和小鼠调控网络开源项目

DoRothEA：基于R语言的人类和小鼠调控网络开源项目

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea

项目基础介绍

DoRothEA 是一个开源的R语言项目，旨在为研究人员提供一种方便的工具来访问和利用基因调控网络（GRN）数据。该项目由 saezlab 维护，并通过 GitHub 进行版本控制与社区协作。

编程语言

该项目的主要编程语言是 R。

核心功能

DoRothEA 的核心功能是存储和提供一种方式来访问 DoRothEA 的调控网络数据。这些调控网络包括签名的转录因子（TF）与目标基因之间的交互信息。项目的主要特点如下：

• 提供了一个收集了人类和小鼠调控网络的数据库，这些调控网络由不同的证据类型整合而成。
• 为每个转录因子-目标基因交互分配了置信水平，该水平基于支持证据的数量。
• 可用于从批量或单细胞转录组数据中推断转录因子活性。

最近更新的功能

项目的最近更新包括以下几个方面的功能扩展：

• 扩展到小鼠数据：原本为人类数据设计的 DoRothEA，现在通过转换人类基因到它们的小鼠同源基因，也可以应用于小鼠数据。
• 支持单细胞RNA-seq数据：研究显示 DoRothEA 可以应用于单细胞RNA-seq数据，提高了数据处理的灵活性。
• 与其他数据库的扩展：项目组发布了新的基于文献的基因调控网络，名为 CollecTRI，它具有更高的覆盖范围和更好的性能，用于识别受干扰的转录因子。项目组鼓励用户使用 CollecTRI 而非 DoRothEA。

通过这些更新，DoRothEA 进一步提升了其在基因表达功能和转录因子活性分析方面的实用性。

dorothea R package to access DoRothEA's regulons 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/do/dorothea