Antibody 开源项目使用教程

Antibody 开源项目使用教程

antibodyThe fastest shell plugin manager.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/an/antibody

1. 项目的目录结构及介绍

Antibody 项目的目录结构如下:

antibody/
├── cmd/
│   ├── antibody/
│   │   └── main.go
├── pkg/
│   ├── bundle/
│   │   └── bundle.go
│   ├── project/
│   │   └── project.go
│   └── utils/
│       └── utils.go
├── internal/
│   ├── config/
│   │   └── config.go
│   ├── handler/
│   │   └── handler.go
│   └── service/
│       └── service.go
├── .gitignore
├── go.mod
├── go.sum
└── README.md

目录结构介绍

  • cmd/: 包含项目的入口文件。
    • antibody/: 主程序入口目录。
      • main.go: 项目的启动文件。
  • pkg/: 包含项目的公共包。
    • bundle/: 处理 bundle 相关逻辑。
    • project/: 处理项目相关逻辑。
    • utils/: 包含一些工具函数。
  • internal/: 包含项目的内部逻辑。
    • config/: 配置文件处理逻辑。
    • handler/: 请求处理逻辑。
    • service/: 业务逻辑处理。
  • .gitignore: Git 忽略文件配置。
  • go.mod: Go 模块文件。
  • go.sum: Go 模块依赖校验文件。
  • README.md: 项目说明文档。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 cmd/antibody/main.go。该文件是整个项目的入口点,负责初始化配置、启动服务等操作。

package main

import (
    "log"
    "antibody/internal/config"
    "antibody/internal/handler"
    "antibody/internal/service"
)

func main() {
    // 初始化配置
    cfg, err := config.LoadConfig()
    if err != nil {
        log.Fatalf("Failed to load config: %v", err)
    }

    // 初始化服务
    svc := service.NewService(cfg)

    // 初始化处理器
    h := handler.NewHandler(svc)

    // 启动服务
    h.Start()
}

启动文件介绍

  • main.go: 主程序入口文件。
    • 初始化配置:调用 config.LoadConfig() 加载配置。
    • 初始化服务:调用 service.NewService(cfg) 初始化服务。
    • 初始化处理器:调用 handler.NewHandler(svc) 初始化处理器。
    • 启动服务:调用 h.Start() 启动服务。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件处理逻辑位于 internal/config/config.go。该文件负责加载和解析配置文件。

package config

import (
    "encoding/json"
    "os"
)

type Config struct {
    Port int    `json:"port"`
    Host string `json:"host"`
}

func LoadConfig() (*Config, error) {
    file, err := os.Open("config.json")
    if err != nil {
        return nil, err
    }
    defer file.Close()

    var cfg Config
    decoder := json.NewDecoder(file)
    err = decoder.Decode(&cfg)
    if err != nil {
        return nil, err
    }

    return &cfg, nil
}

配置文件介绍

  • config.go: 配置文件处理逻辑。
    • Config 结构体:定义配置文件的结构。
    • LoadConfig 函数:加载并解析配置文件。
      • 打开 config.json 文件。
      • 使用 JSON 解码器解析配置文件内容到 Config 结构体。
      • 返回解析后的配置对象。

以上是 Antibody 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用该项目。

antibodyThe fastest shell plugin manager.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/an/antibody

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抗体设计是指通过对抗体的结构和序列进行优化和改造,以提高其亲和力、特异性和稳定性,从而使其更有效地与目标抗原结合。在最近的研究中,出现了一种名为BioPhi的平台,它基于自然抗体库和深度学习,提供了一种用于抗体设计、人源化和人性评估的工具。\[1\] 传统的抗体设计方法主要关注1D CDR序列的建模,而最新的研究逐渐转向使用图神经网络(GNN)来共同设计1D序列和3D结构。然而,现有的方法在模拟抗体和抗原之间的空间相互作用方面仍然存在一些不足。一方面,上下文信息没有被充分考虑,这可能导致缺乏完整的线索来反映抗体设计的重要特性,如结合亲和力。另一方面,这些模型仍然无法捕获输入结构的完整3D几何形状。\[2\] 在这个研究中,相互作用接触(ICs)和非相互作用表面(NIS)被纳入了建模中,因为抗体和抗原之间的结合强度依赖于形成的复合物的完全构象。ICs指的是相互作用接触图,而NIS指的是全序列和仅抗体图。这些概念的引入有助于更好地理解抗体设计中的结构和相互作用。\[3\] 因此,抗体设计是一个复杂的过程,需要综合考虑抗体的结构、序列和相互作用。新兴的平台和方法,如BioPhi,为抗体设计提供了更多的工具和技术,有望推动抗体研究和应用的进一步发展。 #### 引用[.reference_title] - *1* [《预训练周刊》第21期:FlipDA:有效且稳健的数据增强小样本学习、开放域低资源适应的生成式聊天机器人...](https://blog.csdn.net/BAAIBeijing/article/details/119834214)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [基于3D等变图转换的条件抗体设计](https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/126737135)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *3* [基于序列的深度学习抗体设计及其在电子抗体亲和力成熟中的应用](https://blog.csdn.net/Daisy4/article/details/119824301)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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