FastFold 项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
FastFold 项目的目录结构如下:
FastFold/
├── data/
│ ├── processed/
│ └── raw/
├── models/
│ ├── alphafold/
│ └── utils/
├── scripts/
│ ├── preprocess.py
│ └── train.py
├── config/
│ ├── default.yaml
│ └── production.yaml
├── main.py
├── README.md
└── requirements.txt
目录介绍
data/
: 存放数据文件,包括原始数据 (raw/
) 和处理后的数据 (processed/
)。models/
: 存放模型相关的代码,包括 AlphaFold 模型 (alphafold/
) 和一些工具函数 (utils/
)。scripts/
: 包含预处理 (preprocess.py
) 和训练 (train.py
) 脚本。config/
: 配置文件目录,包括默认配置 (default.yaml
) 和生产环境配置 (production.yaml
)。main.py
: 项目的启动文件。README.md
: 项目说明文档。requirements.txt
: 项目依赖文件。
2. 项目的启动文件介绍
main.py
是 FastFold 项目的启动文件。它负责初始化项目配置、加载数据、启动训练或推理任务。
主要功能
- 读取配置文件 (
config/default.yaml
或config/production.yaml
)。 - 初始化数据预处理流程。
- 加载模型并进行训练或推理。
使用方法
python main.py --config config/default.yaml
3. 项目的配置文件介绍
FastFold 项目的配置文件位于 config/
目录下,主要包括 default.yaml
和 production.yaml
。
配置文件内容
default.yaml
: 默认配置文件,包含基本的项目设置,如数据路径、模型参数、训练参数等。production.yaml
: 生产环境配置文件,通常包含更严格的参数设置和优化选项。
配置示例
data:
raw_path: "data/raw"
processed_path: "data/processed"
model:
type: "alphafold"
parameters:
learning_rate: 0.001
batch_size: 32
training:
epochs: 100
save_interval: 10
使用方法
在启动项目时,可以通过 --config
参数指定使用的配置文件:
python main.py --config config/production.yaml
以上是 FastFold 项目的使用教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 FastFold 项目。