Clinical Knowledge Graph (CKG) 使用教程

Clinical Knowledge Graph (CKG) 使用教程

CKG Clinical Knowledge Graph (CKG) is a platform with twofold objective: 1) build a graph database with experimental data and data imported from diverse biomedical databases 2) automate knowledge discovery making use of all the information contained in the graph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ck/CKG

1. 项目介绍

Clinical Knowledge Graph（CKG）是一个开源平台，其主要目标是构建一个图数据库，包含实验数据以及从多种生物医学数据库中导入的数据。CKG 通过自动化知识发现，利用图中包含的所有信息，旨在加速精准医疗中的决策过程。

CKG 目前包含超过 1600 万个节点和 2.2 亿个关系，涵盖了相关的实验数据、公共数据库和文献。它还集成了最新的统计和机器学习算法，极大地加速了典型蛋白质组学工作流程的分析和解释。

2. 项目快速启动

在开始之前，请确保您的系统满足以下要求：

• 至少 80 GB 的磁盘空间
• 安装了 Git（如果未安装，请参考安装指南）

克隆项目

打开终端窗口，运行以下命令克隆 CKG 仓库：

$ git clone https://github.com/MannLabs/CKG.git

这将创建一个名为 "CKG" 的新文件夹。

安装依赖

进入 CKG 文件夹，使用以下命令安装依赖：

$ cd CKG
$ pip install -r requirements.txt

初始化数据库

执行以下命令以初始化数据库：

$ ./docker_entrypoint.sh

运行示例

运行以下命令以启动一个示例应用程序：

$ python example.py

3. 应用案例和最佳实践

CKG 可以用于多种生物医学研究场景，以下是一些应用案例和最佳实践：

• 蛋白质组数据分析：CKG 提供了工具来分析蛋白质组数据，并与临床数据集成，以支持精准医疗中的决策。
• 生物标记物研究：研究人员可以使用 CKG 来识别和验证生物标记物，进而推进疾病诊断和治疗。
• 药物发现：CKG 中的数据可以用来发现和验证新的药物靶点。

4. 典型生态项目

CKG 是一个开放的生态系统，以下是一些与 CKG 相关的典型项目：

• UniProt：提供蛋白质序列和功能信息。
• STRING：蛋白质-蛋白质相互作用数据库。
• DrugBank：药物信息数据库。
• DisGeNET：疾病相关基因和药物信息数据库。

通过整合这些资源，CKG 为用户提供了一个全面的平台，用于分析和挖掘生物医学知识。

CKG Clinical Knowledge Graph (CKG) is a platform with twofold objective: 1) build a graph database with experimental data and data imported from diverse biomedical databases 2) automate knowledge discovery making use of all the information contained in the graph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ck/CKG