临床知识图谱（CKG）项目教程-CSDN博客

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临床知识图谱（CKG）项目教程

CKG Clinical Knowledge Graph (CKG) is a platform with twofold objective: 1) build a graph database with experimental data and data imported from diverse biomedical databases 2) automate knowledge discovery making use of all the information contained in the graph 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ck/CKG

1. 项目目录结构及介绍

Clinical Knowledge Graph（CKG）项目的目录结构如下：

CKG/
├── .github/
│   ├── ISSUE_TEMPLATE
├── ckg/
│   ├── __init__.py
├── data/
├── docs/
│   ├── build/
│   ├── source/
│   └── make.bat
├── resources/
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_ckg.py
├── .gitignore
├── AUTHORS.rst
├── BACKERS.rst
├── CODE_OF_CONDUCT.md
├── CODE_OF_CONDUCT.rst
├── CONTRIBUTING.rst
├── Dockerfile
├── HISTORY.rst
├── LICENSE.rst
├── MANIFEST.in
├── README.rst
├── docker_entrypoint.sh
├── requirements.txt
├── setup.py

目录解释：

.github/: 存放GitHub特有的模板文件，例如issue模板。
ckg/: 主程序代码目录，包含项目的初始化文件__init__.py。
data/: 存放项目所使用的数据文件。
docs/: 存放项目文档的源文件和构建文件，用于生成HTML文档。
resources/: 存放项目资源文件，如图片、样式表等。
tests/: 存放项目的测试代码，包括单元测试和集成测试。
.gitignore: 指定Git应该忽略的文件和目录。
AUTHORS.rst, BACKERS.rst, CODE_OF_CONDUCT.md, CONTRIBUTING.rst: 项目相关的说明文件。
Dockerfile: 用于创建Docker容器的配置文件。
HISTORY.rst: 记录项目的历史和更新日志。
LICENSE.rst: 项目使用的许可证信息。
MANIFEST.in: 指定打包时应该包含的文件。
README.rst: 项目的主说明文件。
docker_entrypoint.sh: Docker容器启动时执行的脚本。
requirements.txt: 项目依赖的Python包列表。
setup.py: 用于构建和打包Python项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

CKG项目的启动主要是通过Docker容器来实现的。首先，需要确保你的系统中安装了Docker。以下是启动项目的步骤：

克隆项目到本地：

git clone https://github.com/MannLabs/CKG.git

进入项目目录：
```
cd CKG
```
构建Docker镜像：
```
docker build -t ckg .
```

运行Docker容器：

docker run -it --name my_ckg -p 8080:8080 ckg

在Docker容器中，CKG项目会通过docker_entrypoint.sh脚本来启动服务。

3. 项目的配置文件介绍

CKG项目的配置主要是通过setup.py文件来完成的。以下是setup.py文件的主要内容：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='CKG',
    version='1.0',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        'requests',
        'neo4j',
        # 其他依赖
    ],
    entry_points={
        'console_scripts': [
            'ckg=ckg.__main__:main'
        ]
    }
)

配置说明：