SvABA 开源项目使用教程

SvABA 开源项目使用教程

svabaStructural variation and indel detection by local assembly项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sv/svaba

1. 项目目录结构及介绍

SvABA 项目的目录结构如下：

svaba/
├── build/
├── R/
├── scripts/
├── src/
├── test/
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE
├── README.md
└── ...

目录介绍：

• build/：用于存放编译生成的文件。
• R/：包含用于分析和可视化的 R 脚本。
• scripts/：包含一些辅助脚本。
• src/：项目的源代码文件，主要编程语言为 C++。
• test/：包含测试用例和测试数据。
• CMakeLists.txt：CMake 构建配置文件。
• LICENSE：项目的开源许可证文件，采用 GPL-3.0 许可证。
• README.md：项目的介绍文档，包含基本的使用说明和安装指南。

2. 项目启动文件介绍

SvABA 项目的启动文件是 svaba，它是一个可执行文件，通常位于 build/ 目录下。启动文件的主要功能是执行结构变异和插入检测。

启动命令示例：

build/svaba -t tumor.bam -n normal.bam -k 22 -G ref.fa -a test_id -p -4

参数说明：

• -t tumor.bam：指定肿瘤样本的 BAM 文件。
• -n normal.bam：指定正常样本的 BAM 文件。
• -k 22：指定染色体编号。
• -G ref.fa：指定参考基因组文件。
• -a test_id：指定分析的 ID。
• -p -4：指定并行处理的线程数。

3. 项目的配置文件介绍

SvABA 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。主要的配置参数包括：

• 输入文件：通过 -t 和 -n 参数指定肿瘤和正常样本的 BAM 文件。
• 参考基因组：通过 -G 参数指定参考基因组文件。
• 染色体编号：通过 -k 参数指定染色体编号或区域。
• 分析 ID：通过 -a 参数指定分析的 ID。
• 并行处理：通过 -p 参数指定并行处理的线程数。

配置示例：

svaba run -t tumor.bam -n normal.bam -p 8 -k chr17:7541145-7621399 -a TP53 -G ref.fa

以上命令将使用 8 个线程，在指定的染色体区域进行分析，并生成 ID 为 TP53 的分析结果。

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通过以上教程，您可以了解 SvABA 项目的目录结构、启动文件的使用方法以及如何通过命令行参数进行配置。希望这些信息对您使用 SvABA 项目有所帮助。

svabaStructural variation and indel detection by local assembly项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sv/svaba