GLIPH 项目使用教程

GLIPH 项目使用教程

gliphA graph library for PHP.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gl/gliph

1. 项目的目录结构及介绍

GLIPH 项目的目录结构如下：

gliph/
├── LICENSE
├── README.md
├── gliph-1.0.tgz
├── gliph-group-discovery.pl
├── gliph-group-scoring.pl
└── mouseDB.fa

目录结构介绍

• LICENSE: 项目的许可证文件，采用 GPL-3.0 许可证。
• README.md: 项目的说明文档，包含项目的基本介绍和使用方法。
• gliph-1.0.tgz: 项目的压缩包，包含项目的所有文件。
• gliph-group-discovery.pl: 项目的主要脚本文件，用于发现 TCR 集群。
• gliph-group-scoring.pl: 项目的主要脚本文件，用于对 TCR 集群进行评分。
• mouseDB.fa: 项目的参考数据库文件，用于鼠标 TCR 分析。

2. 项目的启动文件介绍

GLIPH 项目的主要启动文件是 gliph-group-discovery.pl 和 gliph-group-scoring.pl。

gliph-group-discovery.pl

gliph-group-discovery.pl 是用于发现 TCR 集群的脚本文件。其基本使用方法如下：

gliph-group-discovery.pl --tcr TCR_TABLE

gliph-group-scoring.pl

gliph-group-scoring.pl 是用于对 TCR 集群进行评分的脚本文件。其基本使用方法如下：

gliph-group-scoring.pl --convergence_file TCR_TABLE-convergence-groups.txt --clone_annotations TCR_TABLE --hla_file HLA_TABLE --motif_pval_file TCR_TABLE-minp-ove10.txt

3. 项目的配置文件介绍

GLIPH 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。以下是一些常用的配置参数：

gliph-group-discovery.pl 配置参数

• --tcr: 指定 TCR 表文件。
• --refdb: 指定参考数据库文件，例如 mouseDB.fa。
• --simdepth: 指定模拟深度，例如 10000。
• --lcminp: 指定最小 p 值，例如 0.001。

gliph-group-scoring.pl 配置参数

• --convergence_file: 指定收敛组文件。
• --clone_annotations: 指定克隆注释文件。
• --hla_file: 指定 HLA 文件。
• --motif_pval_file: 指定 motif p 值文件。

通过这些参数，用户可以根据需要调整 GLIPH 项目的运行配置。

gliphA graph library for PHP.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gl/gliph