开源项目推荐：SpaGCN

开源项目推荐：SpaGCN

SpaGCN SpaGCN: Integrating gene expression, spatial location and histology to identify spatial domains and spatially variable genes by graph convolutional network 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/SpaGCN

SpaGCN 是一个开源项目，旨在通过图卷积网络整合基因表达、空间位置和组织学信息，以识别空间域和空间可变基因。该项目主要使用 Python 编程语言实现。

1. 项目基础介绍

SpaGCN 项目是一个基于图卷积网络的开源工具，它通过整合基因表达、空间位置和组织学信息，帮助研究人员识别空间域和空间可变基因。这个项目适用于多种空间转录组学数据，包括在位转录组学（seqFISH、seqFISH+、MERFISH、STARmap 和 FISSEQ）以及基于空间条形码的转录组学（Spatial Transcriptomics、SLIDE-seq、SLIDE-seqV2、HDST、10x Visium、DBiT-seq、Stero-seq 和 PIXEL-seq）。

2. 核心功能

SpaGCN 的核心功能包括：

• 预处理来自多种格式的空间转录组学数据。
• 构建一个带有深度迭代聚类算法的图卷积网络，用于识别空间域。
• 为每个空间域识别空间可变基因。
• 创建代谢基因以标记每个空间域。

3. 最近更新的功能

项目最近更新的功能包括：

• Easy Mode SpaGCN：为了帮助新手用户，项目提供了简易模式，简化了参数设置和中间步骤。但请注意，简易模式仅提供基本功能，仅用于分析目的。
• 教程更新：项目提供了详细的 Jupyter Notebook 教程，帮助用户更好地理解和使用 SpaGCN。
• 系统要求更新：项目更新了系统要求，包括支持的 Python 版本和所需的第三方库。

SpaGCN 的持续更新使其成为一个强大的工具，适用于空间转录组学研究的多个方面。开源社区的贡献和反馈将有助于这个项目的进一步发展。

SpaGCN SpaGCN: Integrating gene expression, spatial location and histology to identify spatial domains and spatially variable genes by graph convolutional network 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/SpaGCN