NVBIO 开源项目教程

NVBIO 开源项目教程

nvbio NVBIO is a library of reusable components designed to accelerate bioinformatics applications using CUDA. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nv/nvbio

1. 项目介绍

NVBIO 是由 NVIDIA 公司开发的一个用于加速生物信息学应用的 CUDA 库。它包含了一系列可重用的组件，旨在通过利用 NVIDIA GPU 的强大计算能力来提升生物信息学应用的性能。NVBIO 不仅适用于 GPU 加速，还支持跨平台的 C++ 和 CUDA 代码。

NVBIO 的主要目标有两个：

• 作为一个坚实的基础，帮助开发者构建现代的 GPU 加速应用，这些应用的核心计算部分可以通过库自动受益于 GPU 计算的最新进展。
• 作为一个示例材料，帮助设计适用于大规模并行架构的新型生物信息学算法。

NVBIO 还包含了一系列基于该库的应用程序，例如重新设计的 Bowtie2 短读对齐器 nvBowtie。

2. 项目快速启动

2.1 克隆项目

首先，克隆 NVBIO 项目到本地：

git clone --recursive https://github.com/NVlabs/nvbio.git

2.2 初始化子模块

如果你已经克隆了项目但没有使用 --recursive 选项，可以通过以下命令初始化子模块：

git submodule update --init --recursive

2.3 编译项目

进入 NVBIO 的根目录并执行以下命令进行编译：

mkdir build
cd build
cmake ..
make -j8

对于 CUDA 9，你需要使用 GCC 6 或更低的版本：

CXX=g++-6 CC=gcc-6 cmake ..

对于 CUDA 10，你可以使用 GCC 8.2 或更低的版本。

2.4 运行测试

编译完成后，你可以运行测试来验证安装是否成功：

./nvbio-test/nvbio-test

3. 应用案例和最佳实践

3.1 短读对齐器 nvBowtie

NVBIO 中的 nvBowtie 是一个重新设计的 Bowtie2 短读对齐器，它不仅复现了 Bowtie2 的原始功能，还增加了一些新特性，如直接支持 BAM 输出。

3.2 其他应用

NVBIO 还包含其他一些应用，如 nvBWT、nvLighter 等，这些应用都是基于 NVBIO 库构建的，展示了如何利用 NVBIO 加速生物信息学任务。

4. 典型生态项目

4.1 NVIDIA CUDA Toolkit

NVBIO 依赖于 NVIDIA CUDA Toolkit，这是一个用于开发和运行 GPU 加速应用程序的开发环境。

4.2 Boost C++ Libraries

NVBIO 使用了 Boost C++ Libraries，这是一个高质量、可移植的 C++ 源代码库，提供了许多实用的功能和算法。

4.3 CMake

NVBIO 使用 CMake 进行项目构建，CMake 是一个跨平台的构建系统，能够生成适用于不同编译器的构建文件。

通过以上模块的介绍，你可以快速了解并开始使用 NVBIO 项目。

nvbio NVBIO is a library of reusable components designed to accelerate bioinformatics applications using CUDA. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/nv/nvbio