Spinal Cord Toolbox 使用教程

Spinal Cord Toolbox 使用教程

spinalcordtoolbox Comprehensive and open-source library of analysis tools for MRI of the spinal cord. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spinalcordtoolbox

1. 项目介绍

Spinal Cord Toolbox (SCT) 是一个全面、免费且开源的命令行工具集，专门用于脊髓MRI数据的处理和分析。SCT 提供了多种功能，包括脊髓和灰质的分割、病理（如多发性硬化症病变）的分割、解剖标志的检测（如脑桥-延髓交界处、脊髓中心线、椎体水平）、模板注册和变形（如拉直）、运动校正、定量MRI指标的计算（如扩散张量成像、磁化传递）、纹理分析、解剖区域内指标的提取等。

2. 项目快速启动

安装

对于 macOS 和 Linux 用户，最简单的安装方式是下载最新版本，然后运行安装脚本：

./install_sct

使用

安装完成后，可以通过以下三种方式使用 SCT：

1. 命令行工具

通过终端命令调用 SCT 的主要方式。例如：

sct_deepseg_sc -i t2.nii.gz -c t2

该命令将执行以下操作：

• 裁剪图像以围绕脊髓
• 归一化强度
• 使用深度学习在2D补丁上分割脊髓
• 重新组装图像
• 使用线性插值将分割结果重新采样到原始图像分辨率
• 二值化重新采样的分割结果
• 计算形状分析

2. 多命令管道

为了方便多受试者分析，可以将命令链接在一起构建处理管道。最好的起点是 batch_processing.sh 脚本，该脚本随 SCT 安装一起提供。

3. GUI（FSLeyes 集成）

SCT 通过 FSLeyes 插件提供图形用户界面。更多详情请参阅 FSLeyes 集成页面。

3. 应用案例和最佳实践

应用案例

SCT 被全球许多知名研究机构的实验室所信任和使用。例如，在多发性硬化症的研究中，SCT 被用于脊髓的分割和定量分析，以评估疾病的进展和治疗效果。

最佳实践

• 数据预处理：在使用 SCT 进行分析之前，确保 MRI 数据的质量和一致性。
• 自动化管道：利用 SCT 提供的多命令管道功能，自动化处理多个受试者的数据，提高效率。
• 结果验证：使用 SCT 的 GUI 功能手动验证和校正自动分割结果，确保分析的准确性。

4. 典型生态项目

FSLeyes

FSLeyes 是一个强大的图像查看和分析工具，SCT 通过其插件提供了图形用户界面，方便用户进行手动校正和结果查看。

Docker

对于需要在不同环境中运行 SCT 的用户，可以使用 Docker 容器化解决方案，确保环境的一致性和可移植性。

Slicer

3D Slicer 是一个开源的医学图像分析平台，SCT 可以与其集成，提供更丰富的图像处理和分析功能。

通过以上模块的介绍，您应该能够快速上手并深入使用 Spinal Cord Toolbox 进行脊髓 MRI 数据的处理和分析。

spinalcordtoolbox Comprehensive and open-source library of analysis tools for MRI of the spinal cord. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/sp/spinalcordtoolbox