TreeViewer 开源项目教程
项目介绍
TreeViewer 是一个灵活的模块化软件,用于可视化和操作系统发育树。该项目由 Bianchini G & Sánchez-Baracaldo P 开发,并在 Ecology and Evolution 期刊上发表。TreeViewer 使用 GNU Affero GPLv3 许可证,支持多种操作系统和平台,包括 Windows、macOS 和 Linux。
项目快速启动
Windows 安装
- 下载
TreeViewer-Win-x64.msi
安装程序。 - 双击安装程序,如果遇到 Windows Defender SmartScreen 警告,点击“更多信息”并选择“仍然运行”。
- 按照安装向导完成安装。
macOS 安装
- 下载
TreeViewer-Mac-x64.dmg
磁盘映像。 - 双击磁盘映像以挂载它。
- 将 TreeViewer 应用拖到“应用程序”文件夹中。
- 首次启动时,如果遇到“应用未从 App Store 下载”的警告,右键点击应用并选择“打开”。
Linux 安装
- 打开终端并下载安装程序。
- 运行以下命令:
wget https://github.com/arklumpus/TreeViewer/releases/download/v2.2.0/TreeViewer-Linux-x64.tar.gz
tar -xzf TreeViewer-Linux-x64.tar.gz
cd TreeViewer-Linux-x64
./TreeViewer
应用案例和最佳实践
TreeViewer 广泛应用于生物信息学领域,特别是在系统发育树的可视化和分析中。以下是一些最佳实践:
- 数据导入:从各种格式(如 Newick、Nexus)导入系统发育树数据。
- 树形编辑:使用内置工具编辑树形结构,如旋转分支、添加标签等。
- 数据导出:将编辑后的树形数据导出为多种格式,以便进一步分析或共享。
典型生态项目
TreeViewer 与其他生物信息学工具和数据库集成,形成了一个丰富的生态系统。以下是一些典型的生态项目:
- PhyloTastic:一个集成了多种系统发育分析工具的在线平台。
- TreeBASE:一个存储和共享系统发育树数据的数据库。
- MEGA X:一个全面的分子进化遗传分析工具,与 TreeViewer 兼容。
通过这些集成,用户可以更高效地进行系统发育分析和数据管理。