tskit 项目教程

tskit 项目教程

tskitPopulation-scale genomics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ts/tskit

1. 项目的目录结构及介绍

tskit/
├── docs/
│   ├── _build/
│   ├── _static/
│   ├── _templates/
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   ├── ...
├── examples/
│   ├── example1.py
│   ├── example2.py
│   ├── ...
├── src/
│   ├── c/
│   │   ├── tskit.c
│   │   ├── tskit.h
│   │   ├── ...
│   ├── python/
│   │   ├── tskit/
│   │   │   ├── __init__.py
│   │   │   ├── core.py
│   │   │   ├── ...
│   ├── rust/
│   │   ├── src/
│   │   │   ├── lib.rs
│   │   │   ├── ...
├── tests/
│   ├── test_core.py
│   ├── test_api.py
│   ├── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── setup.py
├── ...

目录结构介绍

• docs/: 包含项目的文档文件，使用 Sphinx 生成。
  • conf.py: Sphinx 配置文件。
  • index.rst: 文档的主索引文件。
• examples/: 包含项目的示例代码。
  • example1.py, example2.py: 示例 Python 脚本。
• src/: 包含项目的源代码。
  • c/: C 语言实现的源代码。
    • tskit.c, tskit.h: C 语言的核心实现文件。
  • python/: Python 实现的源代码。
    • tskit/: Python 包的根目录。
      • __init__.py: Python 包的初始化文件。
      • core.py: Python 核心模块。
  • rust/: Rust 实现的源代码。
    • src/: Rust 源代码目录。
      • lib.rs: Rust 库的入口文件。
• tests/: 包含项目的测试代码。
  • test_core.py, test_api.py: 测试脚本。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目的开源许可证。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• setup.py: Python 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Python API

• src/python/tskit/init.py: 这是 Python API 的入口文件。用户可以通过 import tskit 来使用 tskit 库。

C API

• src/c/tskit.c: 这是 C API 的入口文件。用户可以通过包含 tskit.h 头文件来使用 C API。

Rust API

• src/rust/src/lib.rs: 这是 Rust API 的入口文件。用户可以通过 use tskit; 来使用 Rust API。

3. 项目的配置文件介绍

Sphinx 文档配置

• docs/conf.py: 这是 Sphinx 文档生成器的配置文件。它定义了文档的结构、主题、扩展等。

Python 安装配置

• setup.py: 这是 Python 项目的安装配置文件。它定义了项目的依赖、元数据、安装脚本等。

其他配置文件

• .gitignore: 定义了 Git 忽略的文件和目录。
• LICENSE: 定义了项目的开源许可证。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。

tskitPopulation-scale genomics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ts/tskit