tskit 项目教程
tskitPopulation-scale genomics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ts/tskit
1. 项目的目录结构及介绍
tskit/
├── docs/
│ ├── _build/
│ ├── _static/
│ ├── _templates/
│ ├── conf.py
│ ├── index.rst
│ ├── ...
├── examples/
│ ├── example1.py
│ ├── example2.py
│ ├── ...
├── src/
│ ├── c/
│ │ ├── tskit.c
│ │ ├── tskit.h
│ │ ├── ...
│ ├── python/
│ │ ├── tskit/
│ │ │ ├── __init__.py
│ │ │ ├── core.py
│ │ │ ├── ...
│ ├── rust/
│ │ ├── src/
│ │ │ ├── lib.rs
│ │ │ ├── ...
├── tests/
│ ├── test_core.py
│ ├── test_api.py
│ ├── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── setup.py
├── ...
目录结构介绍
- docs/: 包含项目的文档文件,使用 Sphinx 生成。
conf.py
: Sphinx 配置文件。index.rst
: 文档的主索引文件。
- examples/: 包含项目的示例代码。
example1.py
,example2.py
: 示例 Python 脚本。
- src/: 包含项目的源代码。
- c/: C 语言实现的源代码。
tskit.c
,tskit.h
: C 语言的核心实现文件。
- python/: Python 实现的源代码。
tskit/
: Python 包的根目录。__init__.py
: Python 包的初始化文件。core.py
: Python 核心模块。
- rust/: Rust 实现的源代码。
src/
: Rust 源代码目录。lib.rs
: Rust 库的入口文件。
- c/: C 语言实现的源代码。
- tests/: 包含项目的测试代码。
test_core.py
,test_api.py
: 测试脚本。
- .gitignore: Git 忽略文件配置。
- LICENSE: 项目的开源许可证。
- README.md: 项目的介绍和使用说明。
- setup.py: Python 项目的安装脚本。
2. 项目的启动文件介绍
Python API
- src/python/tskit/init.py: 这是 Python API 的入口文件。用户可以通过
import tskit
来使用 tskit 库。
C API
- src/c/tskit.c: 这是 C API 的入口文件。用户可以通过包含
tskit.h
头文件来使用 C API。
Rust API
- src/rust/src/lib.rs: 这是 Rust API 的入口文件。用户可以通过
use tskit;
来使用 Rust API。
3. 项目的配置文件介绍
Sphinx 文档配置
- docs/conf.py: 这是 Sphinx 文档生成器的配置文件。它定义了文档的结构、主题、扩展等。
Python 安装配置
- setup.py: 这是 Python 项目的安装配置文件。它定义了项目的依赖、元数据、安装脚本等。
其他配置文件
- .gitignore: 定义了 Git 忽略的文件和目录。
- LICENSE: 定义了项目的开源许可证。
- README.md: 项目的介绍和使用说明。
tskitPopulation-scale genomics项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ts/tskit