Sylph 项目使用教程

Sylph 项目使用教程

sylphultrafast genome querying and taxonomic profiling for metagenomic shotgun samples by abundance-corrected minhash.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sylp/sylph

1. 项目的目录结构及介绍

sylph/
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── CONTRIBUTING.md
├── src/
│   ├── main/
│   │   ├── java/
│   │   └── resources/
│   └── test/
│       ├── java/
│       └── resources/
├── config/
│   ├── application.properties
│   └── logback.xml
├── scripts/
│   ├── setup.sh
│   └── deploy.sh
└── pom.xml

• docs/: 包含项目的文档文件，如 README.md 和 CONTRIBUTING.md。
• src/: 包含项目的源代码和测试代码。
  • main/: 主代码目录，包含 Java 代码和资源文件。
  • test/: 测试代码目录，包含测试 Java 代码和资源文件。
• config/: 包含项目的配置文件，如 application.properties 和 logback.xml。
• scripts/: 包含项目的脚本文件，如 setup.sh 和 deploy.sh。
• pom.xml: Maven 项目配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件通常位于 src/main/java/ 目录下，具体路径取决于项目的包结构。例如：

src/main/java/com/example/sylph/Application.java

Application.java 文件内容示例：

package com.example.sylph;

import org.springframework.boot.SpringApplication;
import org.springframework.boot.autoconfigure.SpringBootApplication;

@SpringBootApplication
public class Application {
    public static void main(String[] args) {
        SpringApplication.run(Application.class, args);
    }
}

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件通常位于 config/ 目录下。以下是一些常见的配置文件：

• application.properties: 包含项目的运行时配置，如数据库连接、端口号等。

server.port=8080
spring.datasource.url=jdbc:mysql://localhost:3306/sylph
spring.datasource.username=root
spring.datasource.password=root

• logback.xml: 包含项目的日志配置。

<configuration>
    <appender name="STDOUT" class="ch.qos.logback.core.ConsoleAppender">
        <encoder>
            <pattern>%d{yyyy-MM-dd HH:mm:ss} %-5level %logger{36} - %msg%n</pattern>
        </encoder>
    </appender>

    <root level="info">
        <appender-ref ref="STDOUT" />
    </root>
</configuration>

以上是 Sylph 项目的基本使用教程，涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望对您有所帮助！

sylphultrafast genome querying and taxonomic profiling for metagenomic shotgun samples by abundance-corrected minhash.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sylp/sylph