Dynamo-Release 项目安装与使用教程

Dynamo-Release 项目安装与使用教程

dynamo-releaseInclusive model of expression dynamics with conventional or metabolic labeling based scRNA-seq / multiomics, vector field reconstruction and differential geometry analyses项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/dy/dynamo-release

1. 项目的目录结构及介绍

Dynamo-Release 项目的目录结构如下：

dynamo-release/
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── dynamo/
│   ├── __init__.py
│   ├── core/
│   ├── utils/
│   └── ...
├── docs/
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   └── ...
├── setup.py
└── tests/
    ├── __init__.py
    ├── test_core.py
    └── ...

目录结构介绍

• CONTRIBUTING.md: 贡献指南，包含如何为项目贡献代码的说明。
• LICENSE: 项目使用的开源许可证，本项目使用 BSD-3-Clause 许可证。
• README.md: 项目的基本介绍和使用说明。
• dynamo/: 项目的主要代码目录，包含核心功能模块和工具函数。
  • init.py: 初始化文件，用于导入模块。
  • core/: 核心功能模块，包含主要的算法和数据处理函数。
  • utils/: 工具函数模块，包含辅助函数和工具类。
• docs/: 项目文档目录，包含文档配置文件和文档内容。
  • conf.py: 文档配置文件，用于配置 Sphinx 文档生成工具。
  • index.rst: 文档首页内容。
• setup.py: 项目安装脚本，用于安装项目依赖和打包项目。
• tests/: 测试代码目录，包含项目的单元测试和集成测试。
  • init.py: 初始化文件，用于导入测试模块。
  • test_core.py: 核心功能模块的单元测试。

2. 项目的启动文件介绍

Dynamo-Release 项目的启动文件主要是 setup.py 和 dynamo/__init__.py。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于定义项目的元数据、依赖关系和安装过程。通过运行 python setup.py install 可以安装项目及其依赖。

dynamo/__init__.py

dynamo/__init__.py 是 Dynamo 模块的初始化文件，用于导入模块和定义模块的公共接口。通常，这个文件会导入核心模块和工具函数，以便用户可以直接通过 import dynamo 使用项目的主要功能。

3. 项目的配置文件介绍

Dynamo-Release 项目的主要配置文件是 docs/conf.py 和 setup.py。

docs/conf.py

docs/conf.py 是 Sphinx 文档生成工具的配置文件，用于配置文档的生成方式、主题、插件等。通过修改这个文件，可以自定义项目的文档生成过程。

setup.py

setup.py 不仅用于项目的安装，还包含了项目的元数据和依赖配置。通过修改 setup.py 中的 install_requires 字段，可以定义项目所需的依赖包。

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以上是 Dynamo-Release 项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用该项目。

dynamo-releaseInclusive model of expression dynamics with conventional or metabolic labeling based scRNA-seq / multiomics, vector field reconstruction and differential geometry analyses项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/dy/dynamo-release