GKL 项目安装与使用教程

GKL 项目安装与使用教程

GKL Accelerated kernel library for genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gk/GKL

1. 项目目录结构及介绍

GKL（Genomics Kernel Library）项目的目录结构如下：

GKL/
├── gradle/
│   └── wrapper/
├── scripts/
├── src/
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CMakeLists.txt
├── LICENSE
├── README.md
├── SECURITY.md
├── build.gradle
├── build.sh
├── gradlew
└── gradlew.bat

目录结构介绍

• gradle/: 包含 Gradle 构建工具的包装器脚本。
• scripts/: 包含项目使用的脚本文件。
• src/: 包含项目的源代码。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件和目录不应被版本控制。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件，用于持续集成。
• CMakeLists.txt: CMake 构建系统的配置文件。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文件，包含项目的基本信息和使用指南。
• SECURITY.md: 项目安全策略文件。
• build.gradle: Gradle 构建脚本，定义项目的构建任务和依赖。
• build.sh: 构建项目的 Shell 脚本。
• gradlew: Gradle 包装器脚本，用于在 Unix 系统上运行 Gradle。
• gradlew.bat: Gradle 包装器脚本，用于在 Windows 系统上运行 Gradle。

2. 项目的启动文件介绍

GKL 项目没有明确的“启动文件”，因为它是一个库项目，而不是一个独立的应用程序。项目的核心功能是通过 src/ 目录中的源代码实现的。

主要源代码文件

• src/main/java/: 包含 Java 源代码。
• src/main/cpp/: 包含 C++ 源代码。
• src/main/c/: 包含 C 源代码。

这些源代码文件实现了 GKL 库的核心功能，如 PairHMM、Smith-Waterman 和 DEFLATE 压缩/解压缩等。

3. 项目的配置文件介绍

build.gradle

build.gradle 是 Gradle 构建脚本，定义了项目的构建任务和依赖。以下是一些关键配置：

plugins {
    id 'java'
    id 'cpp'
}

repositories {
    mavenCentral()
}

dependencies {
    implementation 'org.broadinstitute:gatk-native-bindings:1.0.0'
    implementation 'com.github.samtools:htsjdk:3.0.5'
}

// 其他构建任务和配置

CMakeLists.txt

CMakeLists.txt 是 CMake 构建系统的配置文件，定义了项目的构建规则和依赖。以下是一些关键配置：

cmake_minimum_required(VERSION 2.8.12.2)
project(GKL)

set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)

add_subdirectory(src)

# 其他构建规则和配置

.travis.yml

.travis.yml 是 Travis CI 配置文件，定义了项目的持续集成任务。以下是一些关键配置：

language: java
jdk:
  - openjdk8

script:
  - ./gradlew build

# 其他 CI 任务和配置

通过这些配置文件，开发者可以构建、测试和部署 GKL 项目。

GKL Accelerated kernel library for genomics 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gk/GKL