pyPESTO 项目教程

pyPESTO 项目教程

pyPESTOpython Parameter EStimation TOolbox项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyPESTO

1. 项目的目录结构及介绍

pyPESTO 项目的目录结构如下：

pyPESTO/
├── docs/
│   ├── examples/
│   ├── source/
│   └── ...
├── pypesto/
│   ├── engine/
│   ├── ensemble/
│   ├── hierarchical/
│   ├── history/
│   ├── logging/
│   ├── objective/
│   ├── optimize/
│   ├── petab/
│   ├── predict/
│   ├── profile/
│   ├── result/
│   ├── sample/
│   ├── select/
│   ├── startpoint/
│   ├── store/
│   ├── visualize/
│   └── ...
├── tests/
│   ├── test_engine/
│   ├── test_ensemble/
│   ├── test_hierarchical/
│   ├── test_history/
│   ├── test_logging/
│   ├── test_objective/
│   ├── test_optimize/
│   ├── test_petab/
│   ├── test_predict/
│   ├── test_profile/
│   ├── test_result/
│   ├── test_sample/
│   ├── test_select/
│   ├── test_startpoint/
│   ├── test_store/
│   ├── test_visualize/
│   └── ...
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
├── requirements.txt
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 包含项目的文档文件，包括示例代码和文档源文件。
• pypesto/: 核心代码库，包含各种模块和功能实现。
  • engine/: 优化引擎相关代码。
  • ensemble/: 集合分析相关代码。
  • hierarchical/: 分层模型相关代码。
  • history/: 历史记录相关代码。
  • logging/: 日志记录相关代码。
  • objective/: 目标函数相关代码。
  • optimize/: 优化算法相关代码。
  • petab/: PEtab 格式支持相关代码。
  • predict/: 预测功能相关代码。
  • profile/: 轮廓分析相关代码。
  • result/: 结果处理相关代码。
  • sample/: 采样相关代码。
  • select/: 选择功能相关代码。
  • startpoint/: 起始点生成相关代码。
  • store/: 存储功能相关代码。
  • visualize/: 可视化相关代码。
• tests/: 包含项目的单元测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• requirements.txt: 项目依赖包列表。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

pyPESTO 项目的启动文件是 setup.py。该文件用于项目的安装和配置。通过运行以下命令可以安装 pyPESTO：

python setup.py install

setup.py 文件的主要功能是定义项目的元数据、依赖关系以及安装过程。它通常包含以下内容：

• 项目名称：定义项目的名称。
• 版本号：定义项目的版本号。
• 作者信息：定义项目的作者信息。
• 依赖包：定义项目运行所需的依赖包。
• 安装脚本：定义项目的安装过程。

3. 项目的配置文件介绍

pyPESTO 项目的配置文件主要包括 requirements.txt 和 setup.py。

requirements.txt

requirements.txt 文件列出了项目运行所需的所有依赖包及其版本号。通过运行以下命令可以安装这些依赖包：

pip install -r requirements.txt

setup.py

setup.py 文件不仅用于项目的安装，还包含了项目的配置信息。例如，它定义了项目的名称、版本号、作者信息以及依赖包等。通过运行 setup.py 文件，可以自动安装项目及其依赖包。

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    name='pyPESTO',
    version='0.5.3',
    author='ICB-DCM',
    description='Parameter EStimation TOolbox for python',
    packages=find_packages(),
    install_requires=[
        # 依赖包列表
    ],
)

通过以上配置文件，用户可以方便地安装和配置 pyPESTO 项目。

pyPESTOpython Parameter EStimation TOolbox项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyPESTO