HERRO项目使用教程

HERRO项目使用教程

herro HERRO is a highly-accurate, haplotype-aware, deep-learning tool for error correction of Nanopore R10.4.1, Kit 14, Ultra-long (UL) reads. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/he/herro

1. 项目的目录结构及介绍

HERRO项目的目录结构如下：

herro/
├── demo/                       # 示例数据目录
├── resources/                  # 资源文件目录
├── scripts/                    # 脚本文件目录
├── src/                        # 源代码目录
├── .gitignore                  # Git忽略文件
├── Cargo.toml                  # Rust项目配置文件
├── Dockerfile                  # Docker构建文件
├── LICENSE.txt                 # 许可证文件
├── README.md                   # 项目说明文件
└── herro-singularity.def        # Singularity容器定义文件

• demo/: 包含用于演示和测试的示例数据。
• resources/: 存放项目所需的一些资源文件，如模型文件等。
• scripts/: 包含一些辅助脚本，用于数据预处理、模型训练等。
• src/: 源代码目录，包含项目的主要逻辑。
• .gitignore: 指定Git应该忽略的文件和目录。
• Cargo.toml: Rust项目的配置文件，定义了项目的依赖、构建选项等。
• Dockerfile: 用于构建Docker容器的文件。
• LICENSE.txt: 项目的许可证信息。
• README.md: 项目说明文件，提供了项目的基本信息和使用说明。
• herro-singularity.def: 定义了如何构建Singularity容器的文件。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动主要依赖于scripts/目录下的脚本文件。以下是一些主要的启动脚本：

• preprocess.sh: 数据预处理脚本，用于处理输入的FASTQ文件。
• create_batched_alignments.sh: 用于生成批量对齐文件的脚本。
• run_herro.sh: 用于运行HERRO工具进行错误校正的脚本。

具体使用这些脚本的方式，可以参考scripts/目录下的相关说明。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置主要通过Cargo.toml文件进行。以下是Cargo.toml文件中的一些关键配置：

[package]
name = "herro"
version = "0.1.0"
edition = "2021"

[dependencies]
# 在这里列出项目依赖的库

在Cargo.toml中，你可以指定项目的名称、版本和依赖项。Rust的依赖管理工具会根据这个文件来下载和编译项目的依赖。

此外，项目可能还包含其他配置文件，如herro-singularity.def用于定义Singularity容器的配置，以及Dockerfile用于定义Docker容器的构建步骤。这些配置文件通常包含特定于环境或平台的配置选项。

herro HERRO is a highly-accurate, haplotype-aware, deep-learning tool for error correction of Nanopore R10.4.1, Kit 14, Ultra-long (UL) reads. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/he/herro