开源项目 `alignment-and-variant-calling-tutorial` 使用文档

开源项目 alignment-and-variant-calling-tutorial 使用文档

alignment-and-variant-calling-tutorialbasic walk-throughs for alignment and variant calling from NGS sequencing data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/al/alignment-and-variant-calling-tutorial

1. 项目的目录结构及介绍

alignment-and-variant-calling-tutorial/
├── presentations/
│   ├── Alignment Variant Calling and Filtering (WGC NGS Bioinformatics).pdf
│   └── LICENSE
├── README.md
└── ...

• presentations/: 该目录包含项目相关的演示文稿和许可证文件。
  • Alignment Variant Calling and Filtering (WGC NGS Bioinformatics).pdf: 关于对齐和变异调用的演示文稿。
  • LICENSE: 项目的许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。

2. 项目的启动文件介绍

项目中没有明确的“启动文件”，因为这是一个教程项目，主要通过命令行工具和脚本来执行对齐和变异调用任务。用户需要根据教程中的步骤手动运行相应的命令。

3. 项目的配置文件介绍

项目中没有明确的“配置文件”，因为这是一个教程项目，主要通过命令行参数来配置工具的行为。用户需要根据教程中的说明，在命令行中指定所需的参数和选项。

例如，使用 bwa 进行对齐时，用户需要在命令行中指定参考基因组文件和输入的测序数据文件。

bwa mem reference.fa input.fastq > output.sam

用户可以根据具体需求调整命令行参数，以适应不同的数据集和实验要求。

alignment-and-variant-calling-tutorialbasic walk-throughs for alignment and variant calling from NGS sequencing data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/al/alignment-and-variant-calling-tutorial