开源项目 alignment-and-variant-calling-tutorial
使用文档
1. 项目的目录结构及介绍
alignment-and-variant-calling-tutorial/
├── presentations/
│ ├── Alignment Variant Calling and Filtering (WGC NGS Bioinformatics).pdf
│ └── LICENSE
├── README.md
└── ...
- presentations/: 该目录包含项目相关的演示文稿和许可证文件。
Alignment Variant Calling and Filtering (WGC NGS Bioinformatics).pdf
: 关于对齐和变异调用的演示文稿。LICENSE
: 项目的许可证文件。
- README.md: 项目的介绍和使用说明。
2. 项目的启动文件介绍
项目中没有明确的“启动文件”,因为这是一个教程项目,主要通过命令行工具和脚本来执行对齐和变异调用任务。用户需要根据教程中的步骤手动运行相应的命令。
3. 项目的配置文件介绍
项目中没有明确的“配置文件”,因为这是一个教程项目,主要通过命令行参数来配置工具的行为。用户需要根据教程中的说明,在命令行中指定所需的参数和选项。
例如,使用 bwa
进行对齐时,用户需要在命令行中指定参考基因组文件和输入的测序数据文件。
bwa mem reference.fa input.fastq > output.sam
用户可以根据具体需求调整命令行参数,以适应不同的数据集和实验要求。