SALSA 开源项目使用教程

SALSA 开源项目使用教程

SALSASALSA: A tool to scaffold long read assemblies with Hi-C data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sal/SALSA

1. 项目的目录结构及介绍

SALSA 项目的目录结构如下：

SALSA/
├── bin/
│   ├── run.py
│   └── utils.py
├── config/
│   ├── default.cfg
│   └── custom.cfg
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── CONTRIBUTING.md
├── src/
│   ├── main.py
│   └── modules/
│       ├── module1.py
│       └── module2.py
├── tests/
│   ├── test_main.py
│   └── test_modules.py
└── README.md

目录介绍

• bin/: 包含项目的可执行文件和实用工具脚本。
• config/: 包含项目的配置文件。
• docs/: 包含项目的文档文件，如 README 和贡献指南。
• src/: 包含项目的主要源代码文件和模块。
• tests/: 包含项目的测试脚本。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 bin/ 目录下，名为 run.py。该文件负责初始化项目并启动主程序。

# bin/run.py

import sys
from src.main import main

if __name__ == "__main__":
    sys.exit(main())

启动文件功能

• 导入主程序 src.main 中的 main 函数。
• 当文件作为脚本运行时，调用 main 函数并退出系统。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 config/ 目录下，包括 default.cfg 和 custom.cfg。

default.cfg

默认配置文件，包含项目的标准配置选项。

[General]
debug = False
log_level = INFO

[Database]
host = localhost
port = 3306
user = root
password = 

custom.cfg

自定义配置文件，用户可以根据需要修改配置选项。

[General]
debug = True
log_level = DEBUG

[Database]
host = 192.168.1.1
port = 3307
user = custom_user
password = custom_password

配置文件功能

• General: 包含通用配置选项，如调试模式和日志级别。
• Database: 包含数据库连接配置选项。

通过修改 custom.cfg 文件，用户可以自定义项目的运行参数。

SALSASALSA: A tool to scaffold long read assemblies with Hi-C data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sal/SALSA