GraphCare 开源项目安装与使用教程-CSDN博客

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GraphCare 开源项目安装与使用教程

GraphCare[ICLR'24] Enhancing Healthcare Predictions with Personalized Knowledge Graphs项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/GraphCare

1. 项目目录结构及介绍

GraphCare 是一个旨在通过个性化知识图谱增强医疗保健预测的项目。下面概述了其主要的目录结构及其组件：

.
├── data_prepare.py           # 数据准备脚本，用于处理并创建任务特定的数据集。
├── ehr_models.py             # 包含运行基准模型的脚本。
├── graphcare.py              # 核心训练与预测逻辑所在文件。
├── graphcare_analysis*.py    # 分析相关脚本，包括对GraphCare模型的分析。
├── kg_mapping*               # 知识图谱映射相关文件夹。
├── kg_ratio_data_gen.py      # 用于生成知识图谱比例数据的脚本。
├── old_scripts.zip           # 存档的老版本脚本集合。
├── README.md                 # 项目说明文件。
├── requirements.txt          # 项目依赖列表。
├── run.sh                    # 运行脚本，可能包含了项目启动的命令或流程。
└── ...                       # 其他如 .gitignore, LICENSE 文件等。

data_prepare.py: 负责数据预处理，创建模型所需的数据集。
ehr_models.py: 包含基础电子健康记录(EHR)模型的实现，用于对比实验。
graphcare.py: 关键文件，包含了GraphCare模型的训练与预测过程。
graphcare_analysis系列文件: 对GraphCare模型进行进一步分析的脚本。
kg_mapping文件夹: 涉及到知识图谱构建和映射的相关文件或数据。
kg_ratio_data_gen.py: 生成与知识图谱比例相关的数据，用于支持模型训练。

2. 项目启动文件介绍

启动GraphCare项目主要是通过Python脚本进行，其中核心在于graphcare.py文件。在实际操作中，通常还需要预先完成数据的准备工作，这可能是通过执行data_prepare.py来达成。项目可能还定义了一个shell脚本run.sh，它简化了启动流程，可能会包含激活虚拟环境、安装依赖以及执行主程序的命令序列。要启动项目，首先确保遵循了依赖安装步骤。

3. 项目的配置文件介绍

虽然提供的信息中没有明确指出有一个单独的配置文件（如.ini, .yaml或.json），但在实践中，配置通常嵌入在代码中或者通过环境变量管理。对于依赖项和环境设置，检查requirements.txt以获取必需的Python包。如果需要特定的运行参数或环境配置，可能需在graphcare.py或其他初始化脚本中查找硬编码的配置或是寻找是否有提示如何设定外部配置的方法。

安装与基本使用步骤概览：

克隆项目：

git clone https://github.com/pat-jj/GraphCare.git

安装依赖：
```
pip install -r requirements.txt
```
数据准备（假设需要）：
```
python data_prepare.py
```
运行项目（示例，具体参照run.sh或文档说明）：
```
./run.sh
```

请注意，根据实际情况，上述步骤可能需要调整。确保阅读项目内的README.md文件以获取最新的安装和使用指南。

GraphCare[ICLR'24] Enhancing Healthcare Predictions with Personalized Knowledge Graphs项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gr/GraphCare