扫描器（Scanpy） - 单细胞数据分析的Python利器

扫描器（Scanpy） - 单细胞数据分析的Python利器

scanpy项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sca/scanpy


项目简介

扫描器（Scanpy） 是一个强大且可扩展的Python工具包，专为单细胞基因表达数据的分析而设计。它与anndata库紧密集成，提供预处理、可视化、聚类、轨迹推断以及差异表达测试等一系列功能。即使面对超过一百万个细胞的大型数据集，Scanpy也能以高效的Python实现来轻松应对。

欲了解更多讨论，请访问scverse的论坛；查阅详细文档，请参阅官方文档。如果您想通过提交问题或创建拉取请求来参与贡献，欢迎参考我们的贡献指南。

技术解析

Scanpy的核心是其高效的数据处理能力。它基于Python构建，支持大规模数据集，具备以下主要特性：

• 预处理: 包括标准化、过滤、降维等步骤，帮助消除噪声并提取关键信息。
• 可视化: 提供直观的二维和三维图，便于理解细胞群的分布和结构。
• 聚类分析: 使用先进的算法，如Leiden算法，对细胞进行群体划分。
• 轨迹推断: 识别细胞分化或发育路径。
• 差异表达分析: 基于统计方法检测在不同条件下基因的显著表达变化。

此外，Scanpy还支持与其他数据类型和分析软件的整合，增强了灵活性和适应性。

应用场景

Scanpy广泛应用于生物学研究和临床应用中，包括但不限于：

• 疾病研究: 分析疾病状态下细胞类型的变化，揭示疾病机理。
• 药物开发: 理解药物作用机制，预测潜在副作用。
• 组织再生科学: 探究干细胞分化过程，促进器官修复。
• 免疫学: 分析免疫反应，识别治疗靶点。

项目特点

• 高性能: 能处理超大样本量的数据，即使在资源有限的环境下也可运行。
• 易用性: 具有清晰的API设计和丰富的文档，便于学习和上手。
• 社区驱动: 拥有一个活跃的用户和开发者社区，持续改进和更新。
• 开源自由: 根据MIT许可证开源，鼓励共享和合作。
• 学术认可: 已经在《 Genome Biology》发表相关论文，被广泛应用并受到同行认可。

如果您正在寻求一个强大的单细胞数据分析解决方案，Scanpy无疑是值得信赖的选择。为了更好地支持这个项目和单细胞分析领域的发展，也欢迎您加入scverse社区，共同探讨和贡献。

Scanpy作为scverse项目的一部分，得到了NumFOCUS的财政赞助。如果您喜欢scverse并希望支持我们的使命，请考虑捐赠以助力我们的工作。

引用Scanpy

若在您的工作中使用了Scanpy，请引用以下文献：

SCANPY：大规模单细胞基因表达数据分析

F. Alexander Wolf, Philipp Angerer, Fabian J. Theis

Genome Biology 2018 Feb 06. doi: 10.1186/s13059-017-1382-0.

同样，引用scverse项目：

scverse项目提供了单细胞组学数据分析的计算生态系统

Isaac Virshup, Danila Bredikhin, Lukas Heumos, Giovanni Palla, Gregor Sturm, Adam Gayoso, Ilia Kats, Mikaela Koutrouli, Scverse Community, Bonnie Berger, Dana Pe’er, Aviv Regev, Sarah A. Teichmann, Francesca Finotello, F. Alexander Wolf, Nir Yosef, Oliver Stegle & Fabian J. Theis

Nat Biotechnol. 2023 Apr 10. doi: 10.1038/s41587-023-01733-8.

scanpy项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sca/scanpy