BWGS（小麦遗传选择管道）开源项目安装与使用指南

BWGS（小麦遗传选择管道）开源项目安装与使用指南

BWGS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bw/BWGS

一、项目目录结构及介绍

BWGS 是一个用于小麦育种中的基因组选择流程的R包，由Van Giang Tran博士和Gilles Charmet博士开发。以下是该仓库的基本目录结构及其简介：

BWGS/
│
├── R/                    # 包含所有的R源代码文件
├── data/                 # 可能存储预装载的数据集
├── inst/                 # 用于存放需要原封不动打包到安装包内的文件
│   └── extdata/         # 特定数据或资源
├── man/                  # R函数的手册页
├── .gitignore            # Git忽略文件列表
├── travis.yml            # Travis CI的配置文件，用于自动化测试
├── BWGS.Rproj           # RStudio项目文件
├── DESCRIPTION           # 包的元数据描述文件，包括依赖关系等
├── LICENSE.md            # 许可证文件
├──NAMESPACE              # 定义包的命名空间
├── NEWS.md               # 更新日志
├── README.md             # 主要的读我文件，介绍了项目概述
└── _pkgdown.yml          # pkgdown配置文件，用于生成项目网站

• R: 存放项目的所有R脚本。
• data: 可能包含了示例数据。
• inst/extdata: 若有，则含有额外的安装时需要的数据文件。
• man: 包含每个R函数的手册页，供帮助系统使用。
• .gitignore: 规定了Git不应追踪的文件类型或文件名。
• travis.yml: 自动化构建和测试的设置。
• BWGS.Rproj: RStudio特定项目文件，便于集成开发环境管理。
• DESCRIPTION: 包的关键信息，包括名称、版本、作者和依赖项等。
• LICENSE.md: 许可协议说明。
• NAMESPACE: 指定包中公开的对象。
• NEWS.md: 版本更新的记录。
• README.md: 项目简述和快速入门指南。

二、项目的启动文件介绍

在BWGS项目中，并没有直接定义单一的“启动文件”。然而，对于使用者来说，通常从加载R包开始其使用：

library(BWGS)

之后，可以通过查看包内提供的具体功能文档（如通过help(package = "BWGS")命令）来了解如何调用各个函数来开始你的工作流程。

三、项目的配置文件介绍

主要的配置不体现在单独的配置文件中，而是分散在几个地方。例如：

• .gitignore: 控制版本控制忽略哪些文件或目录。
• travis.yml: 对于开发者而言，这是CI/CD的配置文件，不是终端用户的直接配置项，但影响自动测试和部署流程。
• DESCRIPTION: 从软件包层面定义依赖和其他元数据，间接地对安装过程产生配置作用。

用户级的配置更多是基于R自身的环境变量或者在使用过程中，根据API调用时可能需要设定的参数进行定制。例如，在调用特定分析函数时，可能需要用户自定义输入参数或数据路径等信息，这些细节在函数的帮助文档中会有所说明。

---

以上就是关于BWGS项目的基础结构、启动指导和配置相关的信息概览，确保正确理解并遵循文档指引以充分利用此工具。

BWGS 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/bw/BWGS