RaGOO开源项目使用手册

RaGOO开源项目使用手册

RaGOORaGOO is no longer supported. Please use RagTag instead: https://github.com/malonge/RagTag 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/RaGOO

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1. 目录结构及介绍

RaGOO项目已经不再维护，推荐使用RagTag代替（访问RagTag）。不过，对于历史版本的RaGOO，其仓库结构大致如下：

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├── Assemblytics_between_alignments.pl          # 工具脚本，用于处理Assemblytics相关的比对数据
├── Assemblytics_uniq_anchor.py                 # 处理唯一锚点的Python脚本
├── Assemblytics_within_alignment.py            # 处理比对内部的数据脚本
├── filter_gap_SVs.py                           # 过滤gap SVs的脚本
├── gitignore                                   # 忽略文件列表
├── LICENSE                                     # 许可证文件
├── ragoo.py                                    # 主程序入口，用于执行RaGOO的核心功能
├── README.md                                   # 项目说明文档
├── sam2delta.py                                # 将SAM格式转换为DELTA格式的脚本
├── setup.py                                    # Python项目的安装或设置脚本
└── ...                                         # 其他相关工具和资源文件

这个结构展示了一组处理基因组组装中特定任务的脚本和核心应用程序ragoo.py，以及必要的支持文件如许可证和读我文档。

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2. 项目的启动文件介绍

主要启动文件: ragoo.py

该文件是RaGOO的主要执行文件，包含了进行参考引导的基因组拼接的主要逻辑。用户通过调用这个Python脚本来运行RaGOO，提供必要的参数和输入数据来对草图级基因组进行拼接和优化。尽管项目已停更，启动此程序一般需遵循以下命令模式：

python ragoo.py [选项] 输入文件 参考文件

其中，选项包括但不限于输出路径、日志级别等，具体使用方法需要参照已不再更新的文档或源代码注释。

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3. 项目的配置文件介绍

RaGOO项目本身并未明确提及一个单独的配置文件作为项目运行的标准配置方式。它的“配置”主要是通过命令行参数来进行定制的。这些参数允许用户指定输入输出路径、参考基因组、特殊处理选项等。在某些高级使用场景下，用户可能会创建自己的脚本或环境变量来封装常用参数，但这并不是项目默认提供的特性。

在实践中，如果需要个性化设置，用户可能间接地通过编写批处理脚本或利用环境变量来“模拟”配置文件的功能。例如，在脚本中设置一系列变量，然后在调用ragoo.py时引用这些变量值。

为了使 RaGOO 的使用更为系统化，理论上可以自行设计JSON或YAML格式的配置文件，但这种做法需要用户自己实现解析并将这些配置传递给程序的逻辑部分，这不是原生支持的功能。

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请注意，由于项目已停止维护，上述信息基于旧有资料推断，实际使用时应考虑迁移至最新推荐的工具，比如RagTag，以确保获得更好的性能和支持。

RaGOORaGOO is no longer supported. Please use RagTag instead: https://github.com/malonge/RagTag 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/RaGOO