NGLView开源项目教程

NGLView开源项目教程

nglview 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/nglview

1. 项目介绍

NGLView是一个Jupyter小部件，用于交互式查看分子结构和轨迹。它利用可嵌入的NGL Viewer进行渲染，支持从文件系统、RCSB PDB、simpletraj以及mdtraj、pytraj、mdanalysis、ParmEd、rdkit、ase、HTMD、biopython等分析库的对象中显示数据。

2. 项目快速启动

安装

使用conda安装

conda install nglview -c conda-forge

使用pip安装

pip install nglview

快速示例

打开Jupyter笔记本，导入nglview并显示PDB结构：

import nglview as nv

view = nv.show_pdbid("3pqr")
view

这将加载RCSB PDB中的"3pqr"结构并显示查看器小部件。

3. 应用案例和最佳实践

显示本地文件

view = nv.show_file("path/to/your/file.pdb")
view

显示MDTraj轨迹

import mdtraj as md

traj = md.load("path/to/your/trajectory.dcd", top="path/to/your/topology.pdb")
view = nv.show_mdtraj(traj)
view

自定义表示

view.add_representation('cartoon', selection='protein')
view.add_surface(selection='protein', opacity=0.3)
view

高级用法

更改背景颜色

view.background = 'black'

添加轨迹

view.add_trajectory(traj)

4. 典型生态项目

MDTraj

MDTraj是一个Python库，用于分析分子动力学轨迹。NGLView可以与MDTraj无缝集成，显示轨迹数据。

PyTraj

PyTraj是另一个用于分析分子动力学轨迹的Python库，NGLView支持直接显示PyTraj轨迹。

MDAnalysis

MDAnalysis是一个用于分析分子动力学模拟数据的Python库，NGLView可以显示MDAnalysis的Universe或AtomGroup对象。

ParmEd

ParmEd是一个用于处理分子力学模型的Python库，NGLView支持显示ParmEd结构。

RDKit

RDKit是一个用于化学信息学的开源工具包，NGLView可以显示RDKit的分子对象。

通过这些生态项目的支持，NGLView为研究人员提供了一个强大的工具，用于交互式地探索和分析分子数据。

nglview 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ng/nglview