CellRank 2 指南：探索多视图单细胞数据分析的统一命运映射框架-CSDN博客

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CellRank 2 指南：探索多视图单细胞数据分析的统一命运映射框架

cellrankCellRank: dynamics from multi-view single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellrank

1. 目录结构及介绍

开源项目 CellRank 的目录结构设计是为了便于开发者和用户理解和扩展。以下是其主要组成部分概述：

├── cellrank          # 核心包，包含算法实现
│   ├── kernels       # 不同类型的内核，如VelocityKernel, ConnectivityKernel等
│   ├── estimators    # 分类器或估算器，如GPCCA, CFLARE等
│   └── ...           # 更多子模块
├── tests             # 测试套件，确保代码质量
├── docs              # 文档源码，用于生成项目文档
│   ├── tutorials     # 实际操作指南和示例教程
│   └── api_reference # API参考文档
├── contrib           # 可供贡献者参考的额外资源或示例
├── examples          # 示例数据和脚本，帮助用户快速上手
├── setup.py          # 项目安装入口文件
├── README.rst        # 项目简介和快速入门指导
├── LICENSE           # 许可证文件，说明软件使用的权限范围
└── pyproject.toml    # 项目配置文件，包括依赖管理等

每个子目录都有明确的职责，例如 cellrank/kernels 包含处理单细胞数据的不同计算内核，而 tests 保证了代码的健壮性通过单元测试。

2. 项目的启动文件介绍

在 CellRank 中，没有一个单一的“启动文件”，而是依赖于命令行界面或者Python脚本来导入并调用库的功能。通常，用户的旅程从导入所需的CellRank模块开始，例如，在Python环境中通过以下方式启动工作：

import cellrank as cr

接着，用户根据具体的分析需求选择相应的功能，比如初始化Estimator或Kernel对象来开始分析流程。

3. 项目的配置文件介绍

CellRank 的配置更多是基于代码中的参数设定而非独立的配置文件。然而，对于环境配置和依赖管理，它利用 pyproject.toml 文件来声明项目的元数据和定义Poetry作为依赖管理工具的设置。此外，若用户想要自定义行为，比如更改默认设置，这通常通过在自己的脚本中设置相关函数或类的参数来完成。例如，调整kernel计算时的参数或改变估计器的行为。对于更高级的定制需求，可能会涉及到修改或创建特定的脚本文件，而不是直接处理一个全局的配置文件。

请注意，实际操作时应参照官方文档提供的指引进行详细配置和使用。

cellrankCellRank: dynamics from multi-view single-cell data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/cellrank