Scanpy 开源项目教程
scanpy项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sca/scanpy
项目介绍
Scanpy 是一个用于单细胞基因表达数据分析的 Python 库。它由 Theis Lab 开发,旨在提供高效、可扩展的工具,用于处理和分析大规模的单细胞测序数据。Scanpy 支持多种数据预处理、可视化和分析任务,是单细胞研究领域的重要工具之一。
项目快速启动
安装
首先,确保你已经安装了 Python 3.6 或更高版本。然后,使用以下命令安装 Scanpy:
pip install scanpy
基本使用
以下是一个简单的示例,展示如何加载数据、进行预处理和可视化:
import scanpy as sc
# 加载示例数据集
adata = sc.datasets.pbmc3k()
# 数据预处理
sc.pp.filter_cells(adata, min_genes=200)
sc.pp.filter_genes(adata, min_cells=3)
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=1e4)
sc.pp.log1p(adata)
sc.pp.highly_variable_genes(adata, min_mean=0.0125, max_mean=3, min_disp=0.5)
# 数据降维和聚类
sc.tl.pca(adata, svd_solver='arpack')
sc.pp.neighbors(adata, n_neighbors=10, n_pcs=40)
sc.tl.umap(adata)
sc.tl.leiden(adata)
# 可视化
sc.pl.umap(adata, color=['leiden', 'CD3D', 'NKG7', 'PPBP'], use_raw=False)
应用案例和最佳实践
应用案例
Scanpy 在多个领域都有广泛的应用,例如:
- 免疫学:分析不同类型的免疫细胞,研究其在疾病中的作用。
- 发育生物学:追踪细胞发育轨迹,研究细胞分化过程。
- 肿瘤学:分析肿瘤微环境,研究肿瘤异质性。
最佳实践
- 数据质量控制:在数据预处理阶段,进行细胞和基因的过滤,去除低质量的数据。
- 特征选择:使用高变异基因进行下游分析,提高分析的准确性。
- 参数调优:根据数据特点调整聚类和降维的参数,以获得更好的分析结果。
典型生态项目
Scanpy 作为单细胞分析的核心工具,与其他项目形成了丰富的生态系统,包括:
- AnnData:用于存储和操作单细胞数据的底层数据结构。
- MuData:支持多模态数据的分析,扩展了 Scanpy 的功能。
- Squidpy:专注于空间转录组数据的分析,与 Scanpy 无缝集成。
这些项目共同构成了强大的单细胞数据分析工具集,为研究人员提供了全面的解决方案。