Neuroglancer 开源项目教程

Neuroglancer 开源项目教程

neuroglancerWebGL-based viewer for volumetric data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ne/neuroglancer

1. 项目介绍

Neuroglancer 是一个由谷歌Connectomics团队开发的高性能WebGL视图器和可视化框架，用于查看三维体积数据。它支持多种数据源并能够显示任意（非轴对齐）的体数据切片视图以及3D网格和线段模型（骨架）。这个工具特别适用于处理大规模神经科学数据集，这些数据集在传统图像查看器中可能难以可视化。

注: 本教程已在Google Chrome浏览器上测试，其他浏览器可能会有不同的行为或错误。

2. 项目快速启动

安装Neuroglancer

推荐使用Python虚拟环境，可以使用Anaconda进行管理。以下是两种安装方法：

方法1：通过pip安装

打开终端，运行以下命令来安装neuroglancer:

python3 -m venv myenv
source myenv/bin/activate
pip install neuroglancer

方法2：从源码构建

如果需要修改neuroglancer包或特定仓库，按照以下步骤操作：

git clone https://github.com/google/neuroglancer.git
cd neuroglancer
python3 -m venv myenv
source myenv/bin/activate
python3 setup.py develop

快速试用

要启动一个基本的Neuroglancer实例，你可以访问它的在线演示：

https://neuroglancer-demo.appspot.com

或者预加载示例数据：

var viewer = new NeuroglancerViewer();
viewer.addVolume({
  url: 'precomputed://gs://neuroglancer-public-data/flyem_fib-25/follow_up/colored_segmentation/',
  shader: `void main() {
    emitRGB(vec3纹理颜色值);
  }`,
});
viewer.navigation.setCamera({position: [877.93, 2671.52, 1418.7], viewDirection: [-0.26, -0.44, -0.87]});
viewer.controlPanel.visible = true;

3. 应用案例和最佳实践

Neuroglancer 适合于大型神经科学数据集的探索和分析。例如：

• 神经元分割：用于展示和验证神经元结构的复杂细分。
• 线粒体分割：可视化和评估细胞内的线粒体。
• 突触检测：识别和分析神经元之间的连接点。
• 误差检测：帮助识别和纠正自动标注过程中的错误。

最佳实践包括：

1. 多分辨率数据存储：利用Neuroglancer的预计算数据格式，以便高效地加载不同级别的细节。
2. 交互式探索：通过多个视图和自定义切片位置提高分析效率。
3. 协作工作流：集成Neuroglancer到团队协作平台，允许多位研究人员共享和编辑数据。

4. 典型生态项目

• cloudvolume: Python接口，支持Neuroglancer预计算数据格式。
• BigArrays.jl: Julia接口，同样用于Neuroglancer预计算数据。
• multiresolution-mesh-creator: 用于创建多分辨率网格的Python工具。
• Igneous: 可扩展的3D图像处理pipeline，专注于Neuroglancer预计算格式的网格化、骨架化和下采样。

除了这些，Neuroglancer还有一系列增强其功能的工具，如Neuroglancer Hub，提供了一组与该工具配合使用的应用程序和定制工作空间。

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以上就是Neuroglancer的基本介绍、快速启动指南、应用案例以及相关生态项目的概述。如果你准备开始使用Neuroglancer，这些信息将是你宝贵的参考资源。祝你在神经科学数据可视化之旅上一切顺利！

neuroglancerWebGL-based viewer for volumetric data项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ne/neuroglancer