Pyrodigal 项目教程

Pyrodigal 项目教程

pyrodigalCython bindings and Python interface to Prodigal, an ORF finder for genomes and metagenomes. Now with SIMD!项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyrodigal

1. 项目的目录结构及介绍

Pyrodigal 项目的目录结构如下：

pyrodigal/
├── docs/
│   ├── _build/
│   ├── _static/
│   ├── _templates/
│   ├── conf.py
│   ├── index.rst
│   ├── installation.rst
│   ├── ...
├── pyrodigal/
│   ├── __init__.py
│   ├── _pyrodigal.pyx
│   ├── ...
├── tests/
│   ├── __init__.py
│   ├── test_pyrodigal.py
│   ├── ...
├── .gitignore
├── .travis.yml
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── setup.py
├── ...

目录介绍

• docs/: 包含项目的文档文件，使用 Sphinx 生成。
• pyrodigal/: 包含项目的主要代码文件。
• tests/: 包含项目的测试代码文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .travis.yml: Travis CI 配置文件。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目介绍和使用说明。
• setup.py: 项目安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

Pyrodigal 项目的启动文件是 pyrodigal/__init__.py。这个文件是项目的入口点，负责初始化和导出模块的主要功能。

# pyrodigal/__init__.py

from ._pyrodigal import GeneFinder, MetagenomicGeneFinder, AbstractGeneFinder

__all__ = ["GeneFinder", "MetagenomicGeneFinder", "AbstractGeneFinder"]

启动文件介绍

• GeneFinder: 用于基因查找的主要类。
• MetagenomicGeneFinder: 用于元基因组数据的基因查找类。
• AbstractGeneFinder: 抽象基类，定义了基因查找的基本接口。

3. 项目的配置文件介绍

Pyrodigal 项目的配置文件主要包括 setup.py 和 docs/conf.py。

setup.py

setup.py 是用于安装和打包项目的配置文件。它定义了项目的元数据、依赖关系和构建步骤。

# setup.py

from setuptools import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize

extensions = [
    Extension("pyrodigal._pyrodigal", ["pyrodigal/_pyrodigal.pyx"]),
]

setup(
    name="pyrodigal",
    version="3.5.1",
    packages=["pyrodigal"],
    ext_modules=cythonize(extensions),
    install_requires=[
        "biopython",
    ],
    ...
)

docs/conf.py

docs/conf.py 是 Sphinx 文档生成工具的配置文件。它定义了文档的构建选项、主题和其他相关设置。

# docs/conf.py

import os
import sys
sys.path.insert(0, os.path.abspath('..'))

project = 'Pyrodigal'
copyright = '2022, Martin Larralde'
author = 'Martin Larralde'

extensions = [
    'sphinx.ext.autodoc',
    'sphinx.ext.viewcode',
    'sphinx.ext.napoleon',
]

templates_path = ['_templates']
exclude_patterns = ['_build', 'Thumbs.db', '.DS_Store']

html_theme = 'alabaster'
html_static_path = ['_static']

配置文件介绍

• setup.py: 定义了项目的名称、版本、依赖关系和扩展模块。
• docs/conf.py: 定义了文档的标题、作者、扩展插件和模板路径。

以上是 Pyrodigal 项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用 Pyrodigal 项目。

pyrodigalCython bindings and Python interface to Prodigal, an ORF finder for genomes and metagenomes. Now with SIMD!项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyrodigal