GLnexus：可扩展的gVCF合并与联合变异调用项目

GLnexus：可扩展的gVCF合并与联合变异调用项目

GLnexus Scalable gVCF merging and joint variant calling for population sequencing projects 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gl/GLnexus

1. 项目基础介绍

GLnexus 是由 DNAnexus R&D 开发的一个开源项目，专注于为群体测序项目提供可扩展的 gVCF 合并与联合变异调用。该项目的主要编程语言是 C++，同时也包含一些 Python、CMake、Shell 和 Dockerfile 脚本。

2. 核心功能

• gVCF 合并：GLnexus 能够处理和合并来自不同样本的 gVCF 文件，这对于大型群体测序项目至关重要。
• 联合变异调用：项目支持对合并后的 gVCF 文件进行变异调用，提供准确和可靠的基因分型结果。
• 性能优化：GLnexus 优化了数据处理流程，使其能够在强大的服务器上高效运行，支持性能分析以进一步优化性能。

3. 最近更新的功能

• 与 DeepVariant 的集成：2020 年的新功能之一是整合了 Google Health 团队的 DeepVariant，提供了更准确和可扩展的群体变异调用。
• 公共数据集：项目中添加了包含 1000 Genomes Project 现代重测序产品的公共存储桶，方便用户进行数据对比和验证。
• 构建和测试改进：更新了 Dockerfile，简化了构建过程，并提供了单元测试以确保代码质量。

以上更新使 GLnexus 更加完善和适用于各种规模的群体测序项目。

GLnexus Scalable gVCF merging and joint variant calling for population sequencing projects 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/gl/GLnexus