CellProfiler 项目教程

CellProfiler 项目教程

CellProfiler An open-source application for biological image analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/CellProfiler

1. 项目目录结构及介绍

CellProfiler 是一个用于生物图像分析的开源应用程序。以下是项目的主要目录结构及其介绍：

CellProfiler/
├── distribution/
├── docs/
├── nix/
├── scripts/
├── src/
├── tests/
├── .gitattributes
├── .gitignore
├── CITATION
├── CONDUCT
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── README.md
├── flake.lock
├── flake.nix
├── mypy.ini
├── pixi.lock
├── pixi.toml
└── pytest.ini

目录介绍

• distribution/: 包含用于分发 CellProfiler 的文件。
• docs/: 包含项目的文档文件。
• nix/: 包含与 Nix 包管理器相关的文件。
• scripts/: 包含用于构建和测试的脚本。
• src/: 包含 CellProfiler 的主要源代码。
• tests/: 包含项目的测试代码。
• .gitattributes: Git 属性文件，用于指定文件的属性。
• .gitignore: Git 忽略文件，指定哪些文件和目录不应被 Git 跟踪。
• CITATION: 项目引用信息。
• CONDUCT: 项目行为准则。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证。
• README.md: 项目自述文件。
• flake.lock: Nix flake 锁定文件。
• flake.nix: Nix flake 配置文件。
• mypy.ini: Mypy 静态类型检查配置文件。
• pixi.lock: Pixi 锁定文件。
• pixi.toml: Pixi 配置文件。
• pytest.ini: Pytest 配置文件。

2. 项目启动文件介绍

CellProfiler 的启动文件位于 src/ 目录下。主要的启动文件是 CellProfiler.py，它负责启动整个应用程序。

# src/CellProfiler.py

import sys
from cellprofiler.gui.app import App

def main():
    app = App(sys.argv)
    sys.exit(app.exec_())

if __name__ == "__main__":
    main()

启动文件介绍

• CellProfiler.py: 这是 CellProfiler 的主启动文件。它导入 cellprofiler.gui.app 模块中的 App 类，并创建一个 App 实例来启动应用程序。

3. 项目配置文件介绍

CellProfiler 的配置文件主要用于项目的构建、测试和运行时的配置。以下是一些重要的配置文件及其介绍：

配置文件介绍

• flake.nix: Nix flake 配置文件，用于定义项目的依赖和构建环境。
• mypy.ini: Mypy 静态类型检查配置文件，用于配置 Mypy 的检查规则。
• pixi.toml: Pixi 配置文件，用于定义项目的依赖和构建环境。
• pytest.ini: Pytest 配置文件，用于配置 Pytest 的测试运行规则。

这些配置文件帮助开发者定义项目的构建、测试和运行环境，确保项目在不同环境中的一致性和可重复性。

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通过以上内容，您可以了解 CellProfiler 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本情况。希望这份教程对您有所帮助！

CellProfiler An open-source application for biological image analysis 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ce/CellProfiler