PyRate 项目使用教程
1. 项目的目录结构及介绍
PyRate 项目的目录结构如下:
PyRate/
├── example_files/
├── experimental_code/
├── mcmcDivE/
├── pyrate_lib/
├── tutorials/
├── LICENSE
├── PyRate.py
├── PyRateContinuous.py
├── PyRateDES.py
├── PyRateMBD.py
├── PyRateMCDD.py
├── PyRateMTE.py
├── README.md
├── plot_functions_BDC_model.R
├── pyrate_utilities.r
├── requirements.txt
目录介绍
example_files/
: 包含示例文件。experimental_code/
: 包含实验代码。mcmcDivE/
: MCMC 分岐估计相关代码。pyrate_lib/
: PyRate 库文件。tutorials/
: 教程文件。LICENSE
: 项目许可证。PyRate.py
: 主启动文件。PyRateContinuous.py
: 连续模型相关代码。PyRateDES.py
: 离散事件模拟相关代码。PyRateMBD.py
: 多物种分岐模型相关代码。PyRateMCDD.py
: 多物种分岐和灭绝模型相关代码。PyRateMTE.py
: 多物种分岐和灭绝时间模型相关代码。README.md
: 项目说明文档。plot_functions_BDC_model.R
: BDC 模型绘图函数。pyrate_utilities.r
: PyRate 工具函数。requirements.txt
: 依赖包列表。
2. 项目的启动文件介绍
PyRate.py
PyRate.py
是 PyRate 项目的主启动文件。它包含了项目的核心功能和启动逻辑。通过运行该文件,可以启动 PyRate 的主要工作流程。
启动命令
python PyRate.py
3. 项目的配置文件介绍
requirements.txt
requirements.txt
文件列出了 PyRate 项目运行所需的依赖包及其版本。在安装 PyRate 时,可以通过以下命令安装所有依赖:
pip install -r requirements.txt
配置文件示例
PyRate 项目的配置文件通常是一个 .ini
或 .cfg
文件,用于设置项目的各种参数。以下是一个示例配置文件的内容:
[General]
input_directory = /path/to/input/files
output_directory = /path/to/output/files
log_level = INFO
[Processing]
parallel_processing = True
number_of_processes = 4
配置文件路径
配置文件通常位于项目的根目录或 config
目录下。在启动 PyRate 时,可以通过命令行参数指定配置文件的路径:
python PyRate.py --config /path/to/config/file.ini
以上是 PyRate 项目的基本使用教程,涵盖了项目的目录结构、启动文件和配置文件的介绍。希望这些信息能帮助你更好地理解和使用 PyRate 项目。